3月5日,中国海洋大学海洋生命学院教授汪岷团队基于序列比对和图论方法,开发了病毒分类新工具VITAP(Viral Taxonomic Assignment Pipeline)。该成果在《自然·通讯》)在线发表,为病毒组学和病毒生态学研究提供了重要工具。
该研究团队开发的VITAP通过结合序列比对与图论算法,不仅能对DNA及RNA病毒进行精准分类,还为每个分类单元提供了置信度评估,可对长度短至1000个 ...
病毒不仅对人类健康产生深远的影响,也是全球生物地球化学循环的幕后推手。目前大多数病毒分类方法主要依赖于接近完整的病毒基因组数据,对片段化和不完整的病毒序列分类效果较差。此外,目前的技术手段大多对双链DNA病毒的分类效果较好,而对RNA病毒和单链DNA病毒的高通量准确分类仍存在困难。特别是对于高度不完整的病毒片段,如何将其准确地进行分类仍然是一个亟须解决的问题。
近日,中国海洋大学海洋生命学院汪岷教授团队基于序列比对和图论方法,开发了病毒分类新工具VITAP(Viral Taxonomic Assignment Pipeline)。该成果于3月5日在Nature子刊Nature Communications(《自然·通讯》)上在线发表,为病毒组学和病毒生态学研究提供了重要工具。
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