2021年1月20日 · 检测haplotype的选择信号最好利用定相phased后的数据集。方法有EHH和CLR法。这里利用R包中的rehh包进行分析。rehh有强大的说明和教程文档，后续深入了解其原理时值得进一步学习研究。rehh tutorial. rehh的实践. 读取数据。分别读取两个群体的phased的vcf数据

2018年9月9日 · 下面就介绍最常见的 EHH 、 iHH 、 iHS 等概念。 extended haplotype homozygosity (EHH),首先是有一个核心位点，其有两个等位基因，一个是祖系基因，一个是突变基因。 这个时候我们可以把所有的单倍体分为两类，一类是含有祖系基因的单倍体（nA），另一类含有突变基因的单倍体（nD）。 这个时候我们可以分别对着两类单倍体分别计算纯合度（FA和FD），然后将二者作比值（FD/FA），此时如果该突变位点受到选择，那么含有突变位点的 …

2023年3月18日 · 常用群体内检测指标的计算方法大致分为三种： 1.基于核苷酸多态性降低的π、θw； 2.基于分离位点频率的Tajima’D； 3.基于连锁不平衡增加的EHH、 iHS 。

2020年2月20日 · 基于 LD 检测选择信号的方法中应用最广泛的是扩展单倍型纯合（ extended haplotypehomozygosity , EHH） (Sabeti et al., 2002)及其一系列衍生方法。 EHH 的定义如下：从一个核心区域（如推断的受选择位点）向两侧扩展距离 x， 两条随机选取的包含核心单倍型的染色体，从核心区域到距离 x 的整个区间为同源相同 (identical by descent， IBD)的概率。 在 EHH 基础上， Voight 等 (2006)提出了单倍型纯合性积分 (integrated haplotype score, iHS)的检验方 …

2021年1月4日 · 常用群体内检测指标的计算方法大致分为三种：1.基于核苷酸多态性降低的π、θw；2.基于分离位点频率的Tajima’D；3.基于连锁不平衡增加的EHH、iHS。 以上三类指标对应于基因组受选择特征的三个维度，而后才有了群体间的选择指标：1.由π衍生的π ratio、ROD、Fst ...

2019年8月12日 · Sabeti在2002年的时候提出了一种叫做Extended Haplotype Homozygosity (EHH)的统计方法，用来扫描全基因组范围内的选择印记。在此基础上又衍生出了iHS、XP-EHH以及Rsb等统计方法。R包rehh实现了这几种统计方法的封装。 应用

本期我们来聊一聊使用rehh包检测选择信号的另一种方法，计算群体间 XP-EHH (cross-population EHH)。如果上一期大家有练习的话那么这一节将会轻松很多。话不多说，直奔主题。 XP-EHH的定义. 输入文件. 使用rehh包计算XP-EHH的输入文件格式和计算iHS的输入文件格式是一样 ...

One of such approaches involves the concept of extended haplotype homozygosity (EHH) and its associated statistics. These statistics typically require phased haplotypes, and some of them necessitate polarized variants. Here, we unify and extend previously proposed modifications to loosen these requirements.

ehh@ujmumwk: That means that their day was just so-so, or it could've been better.|Yeah this is like answering まあまあ|It could either mean that someone doesn't know what to say so they're using it as a filler word like "um," or they think something is just "okay" or "so-so."

2020年1月3日 · 正向选择分析方法：这里用了haploPS、XP-EHH、 Fst这三个方法扫描正向选择位点。 在case样本中P值小于0.05的基因组区域，且在control样本中，这些显著基因组区域没有达到显著水平。 XP-EHH得分达到top 0.1%的位点作为正向选择的位点。 Fst值在top 1%的位点作为正向选择的位点。 4. 将haploPS、XP-EHH、 Fst扫描到正向选择位点以及基因进行生物学功能注释. 生物学功能注释采用的 Genetrail2 工具（http://genetrail2.bioinf.uni-sb.de/）。