2022年2月9日 · 熟悉使用fastp，该软件可对双端测序数据进行trim处理。其参数中有一项为trim_poly_g。过去常做RNA-seq，知道mRNA加工时会产生polyA尾，但DNA为什么会有polyG？感到困惑。 经过. google进行百度，意外得到了fastp作者对此问题的回答，进行理解和翻译如下结果 …

2024年9月25日 · 对Illumina的NextSeq/NovaSeq测序数据，常会用ployG发生(是因为这两个平台使用两个荧光信号，而没有信号时表示G)。 fastp 能够检测到ployG并去除（默认是NextSeq/NovaSeq平台，通过测序仪ID和fastq识别)

PolyA/T结构通常致其后的峰图出现重叠峰，PolyG/C 结构通常致其后的峰图出现信号衰减。 Poly结构是导致测序失败最常见的原因之一，目前还没有非常有效的方法彻底解决Poly结构的影响，但一般而言，PCR样品Poly结构后双峰的概率非常高，而菌液中Poly结构对测序结果的影响较少或没有。 解决办法： 1.反向测序再拼接. 2.连接到载体后测序. Poly结构后移码双峰. 也有poly结构后一点影响没有滴！ Copyright © 2011-2025 Public Library of Bioinformatics (PLoB). All …

A lack of signal is called as G with high confidence. These polyG tails need to be removed or the read will not map well to the reference genome. Reads that start or end with very low quality can be aligned better if the bad quality parts are trimmed off.

Under physiological conditions, the acidic forms of poly (A) and poly (C) can be induced by proton transfer from acidic amino acids of proteins to adenine and cytosine bases. Finally, we present potential mechanisms for the regulation of some biological processes through the formation of intramolecular poly (A) duplexes.

2015年9月18日 · 坑三：Ploy结构. 有的时候，我们会遇到Poly结构，就是G/C rich，G/C Cluster，Poly A，Poly T结构等。这种结构的测序容易出现移码现象，导致测序信号衰减和中断（如下图）。解决方法： 还是反其道而行之。采用反向引物对模板进行测序，测到该poly结构 …

2015年2月1日 · Since the anti-tumour agent cisplatin preferentially forms DNA adducts at runs of consecutive guanine nucleotides (poly (G)), the position and frequency of occurrence of poly (G) sequences in the updated human genome was investigated. There are more runs of consecutive guanines than would be expected by random chance.

近日，来自哈佛医学院的 Scott Kennedy 教授在 Nature 发表研究 “poly (UG)-tailed RNAs in genome protection and epigenetic inheritance”， 该研究揭示了RDE-3通过为RNA添加poly (UG)尾，促进RNAi效率并抑制转座子活性的机制。 RDE-3（也称为MUT-2），编码核糖核酸转移酶（ribonucleotidyltransferases, rNTs）的 同源蛋白，在无需模板的情况下为RNA添加核苷酸。 近期研究发现，线虫的RDE-3可在酿酒酵母和 非洲爪蟾 卵母细胞中为RNA的3’端添加完美的U和G …

2024年8月26日 · 因此，通过混合机制掺入poly(A)尾巴中的G、C和U残基可以作为mRNA调控信息，标记mRNA以抵抗活跃的脱腺苷酸化，从而提高稳定性，延长mRNA的半衰期。 （2) poly(A)尾内部的非A残基

When I analyze paired-end, the second mate is sometimes a poly-G and they I remove it by testing if the read has more than 80% G's. If that's the case I disregard the entire read (or use it as single-end, depends on what I do with it later).