2024年3月8日 · Profile hidden Markov models (profile HMMs) 是一种用于序列分析的 统计模型，通常用于对生物学序列进行建模和比较，如蛋白质序列或DNA序列。 它们是隐马尔可夫模型（HMM）的一种扩展，结合了多序列比对（multiple sequence alignment）和隐马尔可夫模型的思想。 Profile HMMs的原理包括以下几个关键点： 1. 多序列比对 （multiple sequence alignment）： Profile HMMs通过对多个相关序列进行比对，提取序列间的共同模式和保守特征 …

Pfam 最新 v27.0 版本的数据库中， A 数据库包含 14,836 个蛋白质家族编号（以 PF 开头）； B 数据库包含 20,000 个蛋白质家族编号 （以 PB 开头）。 使用 hmmscan 进行 Pfam 注释示例：

HMMER is used for searching sequence databases for sequence homologs, and for making sequence alignments. It implements methods using probabilistic models called profile hidden Markov models (profile HMMs). HMMER is often used together with a profile database, such as Pfam or many of the databases that participate in Interpro.

隐马尔可夫模型 (Hidden Markov model, HMM)是用于序列标注的概率图模型，描述一个隐藏的马尔科夫链生成不可观测的状态序列，再由每个状态生成一个观测而产生一个观测序列的过程，是一个生成模型。 隐马尔可夫模型在自然语言处理、语音识别、模式识别等领域都应用广泛。 在自然语言处理中，基于字标注的分词、词性标注、句法分析、命名实体识别等领域都可以应用隐马尔可夫模型。 在生物学领域中，可以通过大量序列数据进行深度学习后生成隐马尔可夫模型，用 …

HMMER是一种常用的序列比对工具，它是基于 隐马尔可夫模型 （Hidden Markov Model，HMM）的算法。HMMER可以用于比对不同类型的生物序列，包括蛋白质序列和核酸序列。

2023年4月22日 · HMMER 是基于隐马尔可夫模型，用于生物序列分析工作的一个非常强大的软件包，它的一般用途是识别同源蛋白或核苷酸序列和进行序列比对。 与 BLAST、FASTA 等序列比对和数据库搜索工具相比，HMMER 更准确. 从功能基因研究的角度来讲，相关的搜索，比如从序列数据库中，找同源的序列，或者对一个新的基因功能进行鉴定，使用 HMMER 比使用 blast 有着更高的灵敏度以及更高的搜索速度，但其应用远没有 blast 普及. Linux 系统环境、HMMER 软件 …

2021年8月21日 · HMMER3 包含两个用于使用单个查询序列搜索蛋白质数据库的程序：phmmer 和 jackhmmer。 研究人员相信 phmmer 在很多方面都优于 BLASTP，而 jackhmmer 在很多方面也优于 PSI-BLAST。 当然，任何方法都不可能是完美无缺的。

2020年12月20日 · 本文介绍了如何使用 HMMER 工具进行 Pfam 数据库的蛋白质家族注释，包括 HMMER 和 Pfam 的下载安装、数据库处理以及 hmmscan 命令的使用，重点讲述了如何通过 hmmscan 执行注释并解析输出结果。

2024年10月10日 · HMMER是一款用于生物序列数据库中搜索同源序列的开源工具。 它利用“profile hidden Markov models”（Profile HMMs）技术，能够高效地处理单序列或多序列比对查询。 HMMER被广泛应用于蛋白质家族域数据库和大规模注释流程中，包括许多 InterPro Consortium 的成员。 HMMER的核心技术是Profile HMMs，这是一种强大的序列比对和建模工具。 Profile HMMs能够捕捉到序列家族的特征模式，从而在数据库中高效地识别出同源序列。 HMMER的 …

2023年10月10日 · pfam 官网已经通知，将数据迁移到 interpro 了，所以之前下载 hmm 模型的方法已经不适应了，需要进行一些改变。 打开 interpro 网站，首页往下翻，找到 pfam. 搜索结构域. 进入结构域的详情页面，点击左栏的 Alignment，选择 seed 然后下载种子文件，下载后是一个压缩包，解压后是 SEED.ann 文件，与之前旧版数据库里的 PFseed_xxxx.txt 是一样的。 接着再点击左栏的 Curation，下载 hmm 模型文件。 之后的 HMMER 的使用就和之前一样，没什么变化了。