Feature Barcode technology is a method for adding extra layers of information to cells by running single cell gene expression in parallel with other assays.

1.细胞barcode. UMI 提取先简单回顾下之前提到的10x单细胞标记原理和文库结构（下图），提取R1端的10x Barcode（16bp，用于区分细胞）和UMI序列（12bp，用于基因定量），以及R2端的插入片段序列（用于基因比对，R2端序列官方推荐长度：v3试剂91bp，v2试剂98bp）。 2.比对

2021年6月26日 · 10X genomics单细胞测序通过Barcode来标记细胞，UMI 来标记转录本，这样与参考基因比对后就可以定量细胞以及基因的数量。 Cell Ranger 进一步将外显子reads与参考转录本比对，寻找兼容性。

2021年9月8日 · 10xBarcode是一段16nt的核苷酸序列（序列空间350万），在每一个Gel Beads中的Barcode序列都是一致的，在后面Barcode与细胞融合形成水凝珠之后，可以保证一个细胞的所有基因序列都带着相同的Barcode序列，也就可以认定这些序列来自同一个细胞。

2019年6月17日 · 可以这样理解：barcode是每个凝胶微珠的身份证号码；UMI是每个DNA标签分子的身份证号码. UMI后面是ploy dt序列，作用：与mRNA的poly(A)尾巴结合，作为逆转录的引物，逆转录出cDNA来

2024年11月22日 · 10X Genomics 的 Cell Ranger 软件相关的，用于处理条形码（barcode）的功能模块。 这些文件通常包含用于过滤和识别有效条形码的列表。 Cell Ranger 使用这些白名单文件来确定哪些条形码是有效的，以便在单细胞测序数据中准确地分配细胞。 文件格式通常为纯文本，可能经过 gzip 压缩以节省存储空间。 Visium 是 10X Genomics 的空间转录组测序平台。 这些文件可能包含与不同版本的 Visium 数据相关的条形码、坐标信息和其他元数据。 .gal 文件可能 …

This tutorial walks through one method for obtaining the counts from the filtered feature barcode matrix starting with the 10x Genomics BAM file (i.e. possorted_genome_bam.bam). Cell Ranger generates two matrices as output from the pipeline.

Identification of these cell barcodes enables data analysis at single cell resolution. For each barcode, we have an associated count of transposition events in peaks (from the chromatin accessibility library), as well as gene expression UMIs (from the gene expression library).

Answer: A valid barcode is one which was sequenced from the experimental sample and found to match the inclusion list. A perfect match is preferred; however, due to the frequency of sequencing errors, it is impractical to expect all barcodes to be sequenced perfectly, and imperfect matches are considered.

To design a custom conjugate oligonucleotide, use a sequence from the Feature Barcode inclusion list (15 nt; pink sequence). This sequence should be flanked by a 10nt region of diversity and a 9nt region of diversity.