空间转录组第三讲：图像手动对齐 - 知乎 - 知乎专栏
10x官网提供了一个示例文件，大家如果还没有自己的图像文件可以拿这个文件先试试。 选择载玻片slide序列号和捕获区域. 输入载玻片信息有三个选项： 默认直接输入载玻片序列号和图像的 …
【10X空间转录组Visium】（一）Space Ranger 1.0.0(更新 …
今天是2019月12月3日，10X空间转录组的新流程发布了，比起安装旧版的ST Spatial系列好装了太多太多。 跟以前各个系列的Cell Ranger一样，可以生成FASTQ和计数矩阵，还能自动进行二 …
空间转录组|数据读入，标准数据形式外，还有哪些"天残地缺"可以 …
默认的Load10X_Spatial函数不能像单细胞转录组一样直接读取3个文件，通过View (Load10X_Spatial) 发现该函数写的比较死。 其实我们只需要提取前面读取单细胞数据部分，使 …
Space Ranger Spatial Outputs - Official 10x Genomics Support
Space Ranger outputs a subdirectory named spatial/, which includes quality control (QC) images to confirm accurate fiducial alignment and tissue detection, and other useful files. The exact …
10x的空间单细胞文件格式详解 - 生信菜鸟团
2024年1月31日 · 那么就不得不预先理解一下10x的空间单细胞文件格式，因为都是10x技术， 所以它也是正常走10x官网软件即可，比如前面我们介绍的单细胞转录组的cellranger的定量流程即 …
Seurat 分析Visium空间转录组 - 简书
2019年12月22日 · 从10x官网下载测试数据; 这里使用从10x官网下载的小鼠脑组织样本MouseBrain Serial Section 1 (Sagittal-Posterior)。 下载网 …
10x的空间单细胞文件格式详解 - 腾讯云
2024年1月3日 · 不过绝大部分情况下目前的空间单细胞转录组文章都是提供了这个 spaceranger count 后的结果文件，我们要做的就是理解10x的空间单细胞文件格式详解即可，大概率是不需 …
空间转录组数据读取 - 组学大讲堂问答社区
2024年11月13日 · 10x公司的空间转录组的数据一般有两种获取方式,第一是手里直接拿到有matrix和img文件(当然还需要对应的barcord和json等辅助文件),第二是公司直接提供或者从网 …
空间转录组测序 | 5 分钟速学图像手动对齐！ 科研动态 上海伯豪生 …
2020年9月2日 · 本文带你一分钟了解 10x空间转录组Visium 的 图像手动对齐 应该怎样做！ Space Ranger 软件提供功能： 一种是自动对齐（只需要提供图片文件），另外一种是手动对齐（除了 …
【10X空间转录组Visium】（三）跑通Visium全流程记录 - 简书
2020年3月24日 · aligned_fiducials.jpg（尺寸与 tissue_hires_image.png相同）：用于验证基准对齐是否成功 image.png 相应的像素坐标转换文件：scalefactors_json.json