Seurat中FindMarker寻找两个cell type差异基因的若干方法 - 简书
ident.2 = ident.2, . cellnames.use = cellnames.use. ) # check normalization method . command = norm.command, value = "normalization.method" ) # 读取相应的数据 . test = test.use %in% …
Seurat包学习笔记（九）：Differential expression testing - 知乎
如果要对两组特定的细胞类群执行差异分析，可以设置ident.1和ident.2参数指定两个特定的细胞类群。
单细胞测序分析（六）Seurat寻找marker基因以及细胞鉴定 – 云生信
2024年1月29日 · #寻找细胞群2的标记基因. cluster2.markers <- FindMarkers(pbmc, ident.1 = 2, min.pct = 0.25) 这里输出得行名是基因名，每一列分别是p值，细胞群2与其他细胞群相比平均 …
Seurat重要命令汇总 - 简书
2021年6月2日 · 2. Seurat对象交互. 获取细胞和基因名，并计数. colnames(x = pbmc) rownames(x = pbmc) ncol(x = pbmc) nrow(x = pbmc) 设置identity classes（active.ident）
seurat对象中细胞identity的获取、设置与操纵 - 简书
2022年2月10日 · 前两天遇到了一个小问题：初步注释细胞发现，使用RenameIdents后细胞类型的levels与我想要的排序不符。 例如，我实际得到的level为: cancer_cell1 T_cells cancer_cell2 …
Ident. 1 vs Ident. 2 in FindMarkers() Function #5127 - GitHub
2021年9月24日 · I had a question regarding the position of ident.1 and ident.2 in the FindMarkers function while performing DEG. To give some context, I have two groups - Control and …
Gene expression markers of identity classes — FindMarkers
ident.2. A second identity class for comparison; if NULL, use all other cells for comparison; if an object of class phylo or 'clustertree' is passed to ident.1, must pass a node to find markers for. …
Seurat包的findmarkers函数只能根据划分好的亚群进行差异分析吗
这个问题有两个解决方案，第一个把已经划分为B细胞群的那些细胞的表达矩阵，重新走seurat流程，看看这个时候它们是否根据有没有表达目的基因来进行分群，如果有，就可以使用 …
单细胞Seurat的FindMarkers函数有人用过吗? - 知乎
根据这些优点， Seurat 推荐使用 SCTransform 做 normalization。 比如，FindMarkers (astrocytes, ident.1 = 'cancer', ident.2 = 'control', test.use = …
这算是不一样吗? - 知乎 - 知乎专栏
ident.2 = "DC",assay = "RNA") 很快就能重复出来 FindMarkers与AverageExpression 两个函数的结果 ： p_val avg_logFC pct.1 pct.2 p_val_adj . DC Platelet diff. 如果这样的肉眼去查看，就 …
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