2012年10月11日 · Conjugative plasmid transfer presents a serious threat to human health as the most important means of spreading antibiotic resistance and virulence genes among bacteria. The required direct cell-cell contact is established by a multi-protein complex, the conjugative type IV secretion system (T4SS).

4hic: crystal structure of the potential transfer protein trak from gram-positive conjugative plasmid pip501

基因组捕获技术（Chromosome conformation capture，3C）是最早研究三维基因组的技术，需要提前知道互相作用区域，才能量化一对基因组基因座之间的互相作用。 染色体构象捕获芯片（Chromosome conformation capture-on-chip，4C ），可以捕获一个基因区域其他区域间的互相作用。 该技术不需要知道作用区域的先验知识就可以使用。 染色体构象捕获碳拷贝（Chromosome conformation capture carbon copy，5C） ，可以检测某段区域内所有的互 …

As a member of the wwPDB, the RCSB PDB curates and annotates PDB data according to agreed upon standards. The RCSB PDB also provides a variety of tools and resources. Users can perform simple and advanced searches based on annotations relating to sequence, structure and function. These molecules are visualized, downloaded, and analyzed by users who range from students to specialized scientists.

什么是Hi-C，Hi-C (High-through chromosome conformation capture) 是以整个细胞核为研究对象，利用高通量测序技术，结合生物信息分析方法， 研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系， 获得高分辨率的染色质调控元件相互作用图谱。 Hi-C技术的流程 [2]：

疏水相互作用色谱 (HIC) 是一种蛋白质分离、纯化和表征的传统技术。 随着抗体偶联药物 (ADC) 的不断发展，HIC 在ADC 表征和分析上应用越来越广泛。 与其他技术不同，HIC 允许蛋白质在保持天然结构和活性的温和非变性条件下进行分析。 这一点非常重要，为HIC后续的研究提供了条件。 接下来，我们以一个传统的高效液相仪配合使用硫酸铵缓冲液为例，为大家阐述HIC的关键参数。 并对方法优化注意事项进行了总结。 简介. HIC的方法最早由 Tiselius 提出，他称此技术为" …

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就当我算11月做了 听到2015je冠军神曲，花半小时构思完进入折磨 最后5分钟极限赶稿，和高中考试似的 争分夺秒

2023年9月14日 · 染色体挂载的方法有多种，我这里主要介绍基于HiC测序数据进行染色体挂载，用到了2套软件：allhic和3d-dna pipeline。 allhic为了组装多倍体甘蔗而开发的软件，适用于多倍体，基因组复杂，组装指标一般，序列条数较多的情况基因组，操作相对简单，把所有contig自动分组挂载到预设的30条染色体上。 但挂载本身这个步骤相对其他步骤感觉还是要复杂一些，另外一般还需要用 juicebox手动调整一下自动挂载中的一些错误。 此外这软件还依赖其他软 …

View 4hic on RCSB PDB site Description : Crystal structure of the potential transfer protein TraK from Gram-positive conjugative plasmid pIP501 Deposited on 2012-10-11 , released 2014-01-22