2017年1月30日 · 5-Hydroxymethyluracil (5hmU) is a thymine base modification found in the genomes of a diverse range of organisms. To explore the functional importance of 5hmU, we develop a method for the genome-wide mapping of 5hmU-modified loci based on a chemical tagging strategy for the hydroxymethyl group.

2024年2月20日 · 本综述对DNA中hmC形成和转化的生化和化学方面的最新数据进行批判性评估，分析用于检测和绘制哺乳动物基因组中5hmC的分析技术，以及hmC在DNA复制、转录、细胞分化和人类疾病中的表观遗传学作用。 要点： （1） DNA 5-羟甲基胞嘧啶的发生和转化机制理解。 （2） 研究哺乳动物基因组中5-羟甲基胞嘧啶发生和分布的不同方法的优势和局限性。 （3）5hmC修饰和相关的表观遗传学修饰在DNA修复、复制、转录和细胞分化中发挥的主要 …

2024年5月6日 · In this work, we address some of the outstanding questions regarding dinoflagellate genome organization by mapping the genome-wide distribution of 5-hmU (using both immunoprecipitation-based and basepair-resolution chemical mapping approaches) and of chromatin accessibility in the genome of the Symbiodiniaceae dinoflagellate Breviolum minutum.

2016年1月1日 · One of the most enigmatic oxidative modifications of DNA is 5-hydroxymethyluracil (5-hmU), originally considered an oxidatively modified product of thymine.

2023年10月19日 · We discuss the potential roles of 5-hmU in the functional organization of dinoflagellate genomes and its relationship to the transcriptional landscape of gene arrays. Overall design ATAC-seq in B. minutum; mapping of 5-hmU in B. minutum using MeDIP-seq and chemical mapping; SMF and ATAC-seq on yeast cells exogenously expressing various ...

2024年5月6日 · We discuss the potential roles of 5-hmU in the functional organization of dinoflagellate genomes and its relationship to the transcriptional landscape of gene arrays. Conclusions: Our results provide the first window into the 5-hmU and chromatin accessibility landscapes in dinoflagellates.

5-羟甲基尿嘧啶（5-Hydroxymethyluracil），也被称为5-HMU，是一种有机化合物。 5-羟甲基尿嘧啶是白色结晶固体，可溶于水和一些有机溶剂。 它是尿嘧啶（一种嘌呤碱基）的衍生物，具有弱碱性和酸性。 5-羟甲基尿嘧啶在生物医学领域具有多种应用。 它还可用于合成嘧啶核苷酸和尿蘚核酸等生物活性化合物。 5-羟甲基尿嘧啶的制备方法多种多样，其中一种常用的方法是将尿嘧啶与甲醛反应，经过适当的条件和催化剂处理进行酮醇异构化反应，即可得到5-羟甲基尿嘧啶。 5-羟甲 …

最新研究通过对珊瑚藻Breviolum minutum基因组中5-羟甲基尿嘧啶（5-hmU）的基因组范围分布以及染色质可及性进行了详细映射。 研究发现，5-hmU修饰在某些重复元件类别中富集，通常与基因串之间的边界重合，并且通常与染色质可及性降低相关，而染色质可及性在 ...

2020年2月25日 · 作为另一种羟甲基嘧啶，5-羟甲基尿嘧啶（5hmU）可通过5hmC脱氨或胸腺嘧啶氧化等途径生成，在细胞内发挥重要作用。 然而，5hmU的化学结构与5hmC高度相似，且其细胞丰度不到后者的1%。

2020年5月1日 · 本发明利用铜绿假单胞菌噬菌体m6的5-hmudna激酶(5-hmudk)实现了γ-硫代磷酸酯从5-o-硫代三磷酸腺苷(atp-γ-s)转移到5-hmu，产生5-硫代磷酸甲基尿嘧啶(5psmu)。 通过液相色谱-串联质谱(lc-ms/ms)技术对所产生的5psmu进行检测，随后通过交联化学标记巯基实现dna上5 …