2021年5月19日 · WDL全称是Workflow Description Language，是Broad Institute专门开发用来跑流程的语言。 由于是需要快速建立流程，因此这个语言的特点就是可以快速编写，简单易懂（我还是觉得Snakemake比较容易上手）。 WDL基本元件有5个，分别是定义总流程的workflow、定义单个任务的task、运行任务的call、定义任务中命令的command以及输出output。 下面将以bwa比对流程为例，展示WDL的语法。 WDL支持以“#”作为注释，另外为了格式规范，建议使用四个空 …

2025年1月28日 · 教程内容较长，原始 md文件有需要的，公众号后台回复"wdl教程"获取，下面为部分截图。 首发于 小夜的生信笔记 切换模式

2021年11月28日 · WDL是由Broad Institute开发的一种生物信息流程开发语言，与传统的shell流程相比，具有复用性好、支持多种集群架构、便于多任务并行等优势，初次接触，写了个简易流程试水。

官方针对不同的集群/云作业管理系统提供了相关的配置文件（https://github.com/broadinstitute/cromwell/tree/develop/cromwell.example.backends），但是本质都是讲调度命令嵌入其中，下面我们以大家常用的 SGE 与 Docker 作业调度系统为例，进行介绍。 作业调度系统的配置文件并非完整的配置文件，必须添加到 github.com/broadinstitu 的 backend 部分. # for Cromwell. *This is not a complete configuration file!* The.

WDL是 Broad Institute 开发的“human readable and writable”定义组织任务与工作流的一种语言。从开发者及开发者赋予的名字中，我们就能看出WDL是一个面向生物信息/基因组学领域的专业的工具。

WDL（Workflow Description Language）是一种用于定义数据处理工作流的语言，旨在帮助研究人员和开发人员描述和执行复杂的数据处理任务。WDL主要用于生物信息学领域，但也适用于其他需要定义多步骤数据处理的领域。

Cromwell是用Java编写的开源（BSD 3子句）执行引擎，支持在三种类型的平台上运行WDL：本地计算机（例如您的笔记本电脑），通过作业调度程序（例如GridEngine）访问的本地群集/计算场或云平台（例如Google Cloud或Amazon AWS）。 Cromwell可执行文件可以从 Cromwell GitHub存储库 中以预编译的jar文件的形式获得 。 它需要Java 8才能运行。 基本命令语法如下： WDL文档的“ 教程 ”部分提供了通过Cromwell运行WDL的更多详细示例 。 在本地计算机上运行是世界上 …

WDL是一种流程管理语言，内置的支持并行，适合编写pipeline 。 运行wdl脚本需要两步：第一步编辑参数列表对应的json文件，第二步直接运行Cromwell.jar。 #这里不再介绍wdl的使用方法，大家可以按照官网上给的GATK的例子尝试运行。

2021年8月21日 · cromwell 是一个面向科学工作流程的工作流管理系统，基于BSD 3-Clause license证书的开源软件，支持在三种平台上运行WDL: 本地机器、通过作业调度器(GridEngine，例如PBS , Slurm )访问的本地集群 和 **云平台 **(例如谷歌云或Amazon AWS） 。

2024年11月25日 · 基于groovy的nextflow、基于 Python 的snakemake、搭配引擎Cromwell的wdl。 这三员大将拥簇众多，各有长处，本文就将这三个工作流框架进行简单介绍，并在实际测试中对比分析，一较高下。 请注意，测试和结论将是主观的。 对了，多说一句，无论是哪种框架，都有坑，区别就是大坑和小坑，做好踩坑的心理准备。 Nextflow是一个生物信息学工作流程管理器，能够开发可移植和可重复的工作流程。 nextflow和snakemake都可以基于通配符规则来读 …