
科研 | Nature子刊:预测抗生素抗性基因在细菌基因组中的传播|Nature|细菌基因组|ARGs|MGEs…
2021年10月24日 · 利用MGEs的遗传标记,如转座酶、整合酶和其他重组酶,作者在ARGs的邻近遗传区域确定了可能的MGEs。 作者排除了质粒和噬菌体基因,这些基因可能参与质粒或噬菌体的功能,但不直接促进含有ARGs的DNA片段的移动 。
Global biogeography and projection of soil antibiotic ... - Science
2022年11月16日 · Here, 1088 metagenomics samples are applied to profile soil antibiotic resistome (fig. S1A and table S1) and mobile gene elements (MGEs). We identify microbes carrying ARGs and MGEs to explain the microbial driver of ARGs. Afterward, we disentangle the response of ARGs to environmental constraints using structural equation model.
又双叒叕!五大数据库全方位注释,抗性宏基因组分析项目再次升 …
SARG (the structured ARG reference database)数据库,其由ARDB和CARD整合而成,目前更新到v2.3版本,是已知的最为完整的抗生素抗性基因数据库,根据不同基因抵抗抗生素的类型和基因的进化关系,将所有抗生素抗性基因分为type和subtype两个层级,其中type为基因所抵抗的抗生素类型(例如四环素抗性基因、磺胺抗性基因等),subtype为具体的抗性基因(例如tetA、sul1等)。 金属抗性基因(MRG)注释. BacMet 数据库全称为antibacterial biocide and metal …
Forecasting the dissemination of antibiotic resistance genes across ...
2021年4月23日 · Antibiotic resistance spreads among bacteria through horizontal transfer of antibiotic resistance genes (ARGs). Here, we set out to determine predictive features of ARG transfer among bacterial...
bioone/ARGs-MGEs-MAP: This is the source code for ARGs-MGEs-MAP - GitHub
The antibiotic resistance genes (ARGs) database is derived from ARGs-OAP (v2.2), [CARD 2022 (v3.25) ] (https://card.mcmaster.ca/), and [DeepARG] (https://github.com/gaarangoa/deeparg). The mobile genetic elements (MGEs) database is sourced from mobileOG-db .
可移动基因元件(mobile genetic elements,MGEs) - 大漠胡天 - 博 …
2020年5月21日 · 可移动基因元件(MobileGenetic Element,MGES)是指包括病毒、质粒和转座子在内,如质粒、噬菌体、整合和结合元件,可促进微生物的进化。 可移动基因元件( mobile genetic elements,MGEs) 主要包括插入序列(IS) 、转座子(transposons)、整合子
ARGs宏基因组分析工具总结 - 知乎 - 知乎专栏
特点:可同时分析 ARGs及其他功能基因(MGEs, MRG), 物种注释. 数据库:ARGminer/DeepARG、NanoARG-MGE database、BacMet、Functional Genes、Pathogens (数据库提供下载)
科研文献|通过宏基因组组装和装箱方法解读抗生素选择压力下抗生 …
2020年11月1日 · ARGs 通常位于移动遗传元件 (MGEs) 上,例如质粒、整合和结合元件 (ICE)、 转座子 和整合子,它们是能够在 DNA 分子内部或之间移动并在细菌细胞之间转移(Partridge 等人,2018 年)。
.污水处理系统中ARGs、MGEs分布特征与菌群结构相关性研究
菌群结构的变化会影响ARGs的分布,对菌群结构与ARGs之间的相关性进行CCA分析,结果显示tetE和tetM显著地影响城市生活污水处理系统中细菌在属水平的分布(P0.05)。
Interactions and evolutionary relationships among bacterial mobile ...
4 天之前 · For instance, large conjugative plasmids often harbour insertion sequences, transposons, the latter often also carrying integrons with ARGs 88. As one of the simplest MGEs, an insertion sequence ...
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