使用TBtools对基因家族进行分析，进化树、Motifs 、结构域和基因结构多图合一。 欢迎关注公众号：生信艺术家 干货全拿走！

motif是比较有特征的短序列，会多次出现的，一般认为它的生物学意义重大，做完CHIP-seq分析之后，一般都会寻找motif 。 查找有两种： 一种是de novo的，要求的输入文件的fasta序列， …

FIMO组件展示了MEME组件搜索到的motif具体匹配到的序列信息（所处染色体、起始终止位置、显著性等），可用于构建motif-peak-相关基因的位置关系，从而获得motif潜在调控的相关基因。

2020年11月30日 · motif 序列一般有两种模式，一是回文序列，比如 CACGTG 其反向互补序列也是 CACGTG. 二是两段保守序列被一段非保守序列分隔，这往往是因为结合的转录因子是二聚 …

这个网站提供了这几种数据格式的构造及转换脚本： SOPs/coordinates – BaRC Wiki. BED、WIG、BIGWIG和BEDGRAPH文件的比较. BAM文件 是生物信息学中广泛使用的文本 文件格 …

2023年12月2日 · motif分析就是解析目标区域具有保守性的DNA结合位点，鉴定这些位点与靶基因之间存在的相互作用关系，从而更好地研究某一疾病发生发展的分子机制。

2022年10月20日 · ATAC-seq信息分析流程主要分为以下几个部分：数据质控、序列比对、峰检测、motif分析、峰注释、富集分析，下...

2024年3月18日 · QC reports可以查看数据质量情况： Motif信息. 可以点击查看详细的motif. Get top putative targets. 得到排分靠前的靶基因，可以用WashU以及UCSC浏览. 点击PER1对应的 …

2023年2月26日 · 查找 motifs 我们需要确定 CTCF 基序在基因组中的位置，因此首先我们需要知道 CTCF 基序是什么样的。 motifDB 包包含来自公共数据库（例如 JASPAR）的有关 Motif 的信息。

2024年10月4日 · bed 文件用于记录染色体区域信息，其可以具有多个变种，如转录本结构可以用 bed12 格式来记录，peak calling 的结果可以用 bed6+4 来记录，常见的 bed 相关格式有 bed …