The goal of the GENCODE project is to identify and classify all gene features in the human and mouse genomes with high accuracy based on biological evidence, and to release these annotations for the benefit of biomedical research and genome interpretation.

2019年11月19日 · GENCODE最新版(Release 32)的注释就是ENSEMBL最新版的默认注释集(GRCh38.p13)。另外，GENCODE还提供了lncRNA, tRNA的gtf/gff文件，ENSEMBL上面没有这些单独的文件，它是将type信息全都放在第9列。

2021年10月6日 · 1、人基因组在NCBI、UCSC、ENSEMBL、GENCODE数据库的版本对应. 在用到人基因组相关信息时，经常用到的数据库有NCBI、UCSC、ENSEMBL。 NCBI的版本有GRCh36、GRCh37、GRCh38； UCSC的版本有hg18、hg19、hg38； ENSEMBL的版本就复杂多了，52/59/64/68/69/75/76/77/78/80/81/82. 上述三个数据库之间的对应关系大致如下： 首先是NCBI对应UCSC，然后对应ENSEMBL数据库： GRCh36 (hg18): ENSEMBL release_52. …

2024年9月20日 · GENinCode tests provide patients and physicians with globally leading risk assessment tools to inform cardiovascular preventive care and treatment. Our technologies combine monogenic, polygenic and clinical information to provide advanced patient risk assessment to predict and prevent cardiovascular disease.

The GENCODE Consortium aims to identify all gene features in the human genome using a combination of computational analysis, manual annotation, and experimental validation. Since the first public release of this annotation data set, few new ...

2018年9月12日 · Gencode数据库是ENCODE计划的衍生品，也是由大名鼎鼎的sanger研究所负责整理和维护，主要记录了基因组的功能注释，比如基因组每条染色体上面有哪些编码蛋白的基因，哪些假基因，哪些lncRNA的基因，它们坐标是什么，基因上面的外显子内含子坐标是什 …

Gencode v30+（如 v30、v31、v32）比 v29 多出一些 lncRNA 和 pseudogene。 如果某个数据集比另一个多 3,000+ 基因，大概率是 v30+ 版本。 蛋白编码基因的数量变化较小（~19,800），主要影响 lncRNA 研究和 SCENIC 之类的 TF 活性分析。

如果小伙伴研究的物种只涉及人类和小鼠，极力推荐 GENCOE，这里有着相较其他数据库，最新最全的基因组和其注释信息。 相对其他下载方式，UCSC 本职的工作是做基因组浏览器的，因此也可以从下图看到，在这里可以根据自己定义来下载相对于的基因组区域，比如 prime，exon，gene，transcript等等。 iGenomes是常见分析生物的参考序列和注释文件的集合。

GENCODE is a comprehensive annotation project that aims to provide high-quality annotations of the human and mouse genomes. The project is part of the ENCODE (ENCyclopedia Of DNA Elements) scale-up project, which seeks to identify all functional elements in the human genome.

Gencode数据库是ENCODE计划的衍生品，也是由大名鼎鼎的sanger研究所负责整理和维护，主要记录了基因组的功能注释，比如基因组每条染色体上面有哪些编码蛋白的基因，哪些假基因，哪些lncRNA的基因，它们坐标是什么，基因上面的外显子内含子坐标是什么，UTR区域 ...