Algorithm used to produce a tree from given distances (or dissimilarities) between sequences. Available options: Both algorithms produce un-rooted tree such as ones shown as radial or force in the tabs below. The rooted trees are created by placing a root in the middle of the longest edge.

The Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) finds regions of local similarity between sequences. The program compares nucleotide or protein sequences to sequence databases and calculates the statistical significance of matches.

选好Optimize for、结果数量（数量建议选大一点）和在新网页打开后，最后点击“BLAST”进行搜索选Optimize for：当想找非常密切相关的序列时可以用“megablast”；用“discontiguous megablast”可以使你的搜索范围更宽一些；用“blastn”可以查找亲缘关系较远的序列。

1）打开NCBI官网（ https://www. ncbi.nlm.nih.gov/ ），点击右侧的BLAST，选择Nucleotide BLAST，进入比对页面：（16S rDNA序列比较也可以通过 EzBioCloud (https://www. ezbiocloud.net/)数据库进行比对） 2）在blastn选项下面粘贴入比对的序列（粘贴的序列中间不能有空格），其他选项见 ...

BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）工具对这条序列进行序列比对（alignment），即在已知的一个序列数据库中，找到相似或者一致的序列。 通过序列比对，还可以进一步研究该序列是否有已知的蛋白质序列和结…

Interactive Tree Of Life is an online tool for the display, annotation and management of phylogenetic and other trees. Manage and visualize your trees directly in the browser, and annotate them with various datasets. Note: See the details on …

2020年4月12日 · 笔者手头拥有的是一个核酸序列，所以我们选择nucleotide BLAST（核苷酸BLAST），进入后页面如下. 粘贴好了核酸序列后，点击最下方的BLAST，等待几次自动跳转后即可获得结果. 此处点击第一条结果的ACCESSION下的蓝字（登录号）进入查看详细信息. 导出FASTA文件后 我们获得了目标序列的FASTA文件，之后我们需要选择与目标序列进行比对的序列. 之后，我们会获得多个FASTA文件，将所有FASTA文件中的内容汇总到一个FASTA文件 …

2022年5月9日 · 「BLAST Zone」plus「一键进化树」 写在前面. 那天夏老师突然给我了一个电话，大体是提了这么一个想法，亦即，「BLAST Zone」挺好的，但如果可以加上「One Step ML Tree」似乎就更好了。当然，这个事情其实不是没想过。

2010年5月31日 · Our algorithm builds a new indexing data structure called BlastTree, which can index a large sequence family database because of our effective compression techniques. In addition, BlastTree fully exploits sequence family membership information to improve homology search sensitivity.

NCBI中BLAST以后，会有一个相似性高低的搜索结果，你可以根据E-score的高低排序，筛选出不同物种的序列。 具体步骤可参考我的专栏MEGA进化树分析中的一篇详细的教程，里面也有注意事项哈。