Cell Ranger v4.0 and later offers support for an untethered Feature Barcode pattern, (BC), in the Feature Reference CSV. This feature allows users to specify the sequence of the Feature Barcode without the need to specify its specific location (tether) on the read.

The cellranger multi pipeline uses a configuration CSV file to specify input file paths and analysis options. For a complete list of input files required to run specific Cell Ranger pipelines, please refer to the List of inputs page.

The human and mouse reference CSV files are available on the Downloads page and in the Cell Ranger tarball. For assistance with setting up your command, please visit the relevant page for your specific experiment:

后缀为mtx的文件记录的就是基因的表达量信息，可以导入R或者python中查看，也可以通过如下命令转换为csv格式. cellranger mat2csv ; outs/filtered_gene_bc_matrices ; sample.count.csv; 除了用MEX格式来存储表达量数据，还使用用HDF5的格式来记录表达量信息，对应以下两个文件

2019年11月18日 · CellRanger是10x genomic公司专为单细胞转录组分析提供的分析软件，可实现从Illumina原始数据（BCL或fastq格式）到文库拆分，细胞拆分及定量，pca，聚类以及可视化（t-SNE和UMAP）结果。 该软件高度集成化，即使您不会写代码也可以快速掌握其用法，使单细胞研究简单化。 10x单细胞标记原理.

Barcode Rank Plot ，展示每一个barcodes（横坐标）对应的UMI数量（纵坐标），曲线中有一段急速下降的部分（good separation ），表示着Barcode在细胞和空液滴之间差异显著。 在10x Chromium上机时，反应体系中有上万个barcode，但真正上机的仅有~5000细胞，所以大多数barcode是无效的，可 根据UMI数量和RNA表达情况识别有效的barcode（cell-associated barcode）。 曲线急速下降部分同时包含有效barcodes和背景barcodes。 蓝色代表细胞，灰 …

The cellranger multi pipeline takes a config CSV file as input. The config CSV contains paths to FASTQ files for any combination of V(D)J, Gene Expression, and/or Feature Barcode libraries. To generate FASTQ files, follow the instructions for running cellranger mkfastq.

2018年12月24日 · cell ranger是10X genomics公司提供的，专门用于分析10X 单细胞转录组数据的pipeline, 包含了原始数据拆分，表达定量，聚类分析等多个功能，本文主要介绍如何使用该 软件 来拆分原始数据。 直接从官网下载最新版的软件即可，网址如下. https://support.10xgenomics.com/single-cell-gene-expression/software/downloads/latest. 该软件由多个子命令构成，通过 mkfastq 命令拆分数据，流程示意如下. 有以下两种使用方式. 文章浏 …

2019年9月19日 · 总的来说，Cell Ranger主要的流程有：拆分数据 mkfastq、细胞定量 count、定量组合 aggr、调参reanalyze，还有一些小工具比如mkref、mkgtf、upload、sitecheck、mat2csv、vdj、mkvdjref、testrun. 虽然这里用不到 (因为我们下载的就是fastq数据)，但是为了流程的完整还是要学习一下. 目的： 将每个flowcell 的Illumina sequencer's base call files (BCLs)转为fastq文件. 特色： 它借鉴了Illumina出品的 bcl2fastq，另外增加了： 它的示意流程： 两种使 …

2019年3月4日 · cellranger是10X genomics公司为单细胞RNA测序分析量身打造的数据分析软件，可以直接输入Illumina 原始数据（raw base call ，BCL)输出表达定量矩阵、降维（pca），聚类（Graph-based& K-Means）以及可视化（t-SNE）结果，结合配套的Loupe Cell Browser给予研究者更多探索单细胞数据的机会。 cellranger的高度集成化，使得单细胞测序数据探索变得更加简单，研究者有更多的时间来做生物学意义的挖掘。 今天小编就要给大家介绍这下这个可能成为 …