2017年10月4日 · To achieve robust Cas13a-mediated RNA knockdown, we first evaluated 15 Cas13a orthologues for protospacer flanking site (PFS) preference and activity using a previously described ampicillin...

LshCas13a的原间隔区侧翼序列 (PFS)与Cas9的PAM序列相似，位于间隔区序列的3 '端，由单个A、U或C碱基对组成。 在细菌中，Cas13a一旦识别并切割crRNA序列所指定的靶RNA序列，它就产生了酶促"活性"状态，而不是恢复到类似Cas9或Cpf1的非活性状态。

当 Cas13a-crRNA 复合物识别 PFS 后，crRNA 引导序列与靶向 RNA 发生碱基互补配对，诱导 Cas13a 发生协同构象变化，使无酶切活性状态的 Cas13a-crRNA 复合物表现出 HEPN-RNase 活性，特异性地对靶向 RNA 进行顺式切割，实现 RNA 敲除。

碧云天生产的LwaCas13a，也称C2c2，是由碧云天自主研发的PerfectProtein™技术平台表达、纯化获得的一种由RNA引导并靶向RNA的重组核酸内切酶。 CRISPR (Clustered regularly interspaced short palindromic repeats)是一种原核生物利用RNA引导的核酸酶对外源的噬菌体或病毒核酸进行基因沉默的获得性免疫系统 (Adaptive immune system)，后续在此基础上逐渐发展为广泛应用于原核和真核生物的CRISPR/Cas基因编辑技术。 基于crRNA效应复合物中的Cas蛋 …

In the initial characterization of Cas13a (Abudayyeh*, Gootenberg*, Konermann* et al., Science 2016), the Cas13a from Leptotrichia shahii (LshCas13a) demonstrated a sequence constraint, termed the Protospacer Flanking Sequence (PFS), both as well as in bacterial cells.

2017年11月9日 · 一种新型核酸酶Cas13a（以前称为C2c2）正逐渐走进人们的视野，它具有独特的性质，进一步扩展了CRISPR工具箱。 在此，我们将介绍一下Cas13a的独特性质以及各种应用。

2023年9月18日 · 与Cas9不同的是，Cas13蛋白不需要PAM序列来识别其靶标，但对临近基序区域两侧表现出核苷酸偏好，并将其称为ProtSpacer侧翼 (PFS)。 推荐设计Cas13系统gRNA的在线网站：CHOPCHOP，（chopchop.cbu.uib.no）。 Cas13蛋白功能非常重要的另一机制是在靶识别时，Cas13：crRNA不仅会切割目标RNA，而且会非特异性切割附近存在的RNA，这一机制与上一期讲的Cas12蛋白非常相似，被称为反式切割。 因此，它还可以降解邻近的其他RNA。 与DNA …

2024年5月3日 · Some Cas13a 36, Cas13b 33 and Cas13bt 45 systems show preference for a short sequence adjacent to the guide–target duplex, termed the protospacer flanking sequence (PFS), which drives PFS ...

Briefly, Cas13a is programmed to target a 5′ stretch of sequence on the β-lactamase transcript flanked by randomized PFS nucleotides. Cas13a cleavage activity results in death of bacteria under ampicillin selection and PFS depletion is subsequently analyzed …

2017年10月25日 · For each Cas13 ortholog, we designed PFS-compatible guide RNAs, using the Cas13b PFS motifs derived from an ampicillin interference assay (fig. S1, table S2, and supplementary text) and the 3′ H (not G) PFS from previous reports of Cas13a activity (10).