2022年5月10日 · ChIP指染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation,ChIP），seq 指的是 二代测序，那么ChIP-seq实际上也就是 染色质免疫共沉淀+二代测序 的一个过程。 ChIP用来确定蛋白质与DNA相互作用情况，所以目前的ChIP-Seq 研究主要包括两大类应用—— TF ChIP 和 Histone ChIP： 首先聊聊 转录因子 的ChIP-seq： 我们要知道转录因子（Transcription factor，TF）是能够结合在某基因上游5’端特异序列上的蛋白质，它作为反式作用因子，与真 …

一、介绍ChIP-seq，测序方法ChIP 指染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP），seq 指的是二代测序方法作用：识别蛋白质与DNA互相作用情况原理：染色质免疫共沉淀 + 二代测序应用：常用于转录…

ChIP-Seq的原理是：首先通过染色质免疫共沉淀技术（ChIP）特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，并对其进行纯化与文库构建；然后对富集得到的DNA片段进行高通量测序。 研究人员通过将获得的数百万条序列标签精确定位到基因组上，从而获得全基因组范围内与组蛋白、转录因子等互作的DNA区段信息。

利用ChIP-seq技术可研究 DNA甲基化 情况，DNA甲基化能引起染色体结构、DNA构象、DNA稳定性及DNA与蛋白质相互作用方式的改变，从而控制基因表达。 注： 针对第一点，H是指组蛋白位点，K是指赖氨酸位点，me是指甲基化修饰个数，ac是乙酰化修饰。 举例：H3K4me1，H3组蛋白、4号赖氨酸位点，1个甲基化修饰。 组蛋白：四种组蛋白，H2A、H2B、H3、H4。 部分图片来源于网络，侵删！ ChIP-seq流程图1. DNA与蛋白质交联：细胞通透性增强，甲醛溶剂使目的蛋白 …

2021年3月8日 · 这里需要知道，ChIPseq是利用抗体去结合特异的靶蛋白，进而去沉淀靶蛋白结合的DNA。 理论上，只要抗体设计的好，与蛋白质结合的 DNA 的都可以检测到。 当然我们也可以使用，UCSC基因组浏览器显示。 一般在做ChIPseq时，会加入一组空白对照（control），提高峰质量，那么为什么？ 一般检测出的峰值会有背景噪音，也就是文库会夹渣一些没有用抗体捕获的DNA片段也被测序了。 这样一来，就会让我们检测到的峰更明显更接近真实的生物学特征。 …

2020年11月26日 · 这里需要知道，ChIPseq是利用抗体去结合特异的靶蛋白，进而去沉淀靶蛋白结合的DNA。 理论上，只要抗体设计的好，与蛋白质结合的 DNA 的都可以检测到。 当然我们也可以使用，UCSC基因组浏览器显示。 一般在做ChIPseq时，会加入一组空白对照（control），提高峰质量，那么为什么？ 一般检测出的峰值会有背景噪音，也就是文库会夹渣一些没有用抗体捕获的DNA片段也被测序了。 这样一来，就会让我们检测到的峰更明显更接近真实的生物学特征。 …

2020年11月22日 · 这里需要知道，ChIPseq是利用抗体去结合特异的靶蛋白，进而去沉淀靶蛋白结合的DNA。 理论上，只要抗体设计的好，与蛋白质结合的 DNA 的都可以检测到。 当然我们也可以使用，UCSC基因组浏览器显示。 一般在做ChIPseq时，会加入一组空白对照（control），提高峰质量，那么为什么？ 一般检测出的峰值会有背景噪音，也就是文库会夹渣一些没有用抗体捕获的DNA片段也被测序了。 这样一来，就会让我们检测到的峰更明显更接近真实的生物学特征。 …

ChIP-sequencing, also known as ChIP-seq, is a method used to analyze protein interactions with DNA. ChIP-seq combines chromatin immunoprecipitation (ChIP) with massively parallel DNA sequencing to identify the binding sites of DNA-associated proteins. It can be used to map global binding sites precisely for any protein of interest.

2022年8月17日 · 染色质免疫共沉淀（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP），是一种用来在体内鉴定及分析基因组内部蛋白质-DNA 相互作用的有力研究技术。 在ChIP的基础上，用二代测序检测ChIP实验的DNA产物，将ChIP与高通量测序技术相结合的ChIP-seq技术，可在全基因组范围对特定蛋白的DNA结合位点进行高效而准确的筛选与鉴定，为研究的深入开展打下基础。 本期易基因小编为您介绍ChIP-seq的主要研究方向、研究思路（前期探索性实验、 数据挖掘 思路、下游 …

6.3.2 Visualize distribution of TF-binding loci relative to TSS. peak（TF结合位点）到最近的gene的TSS之间的距离可以有annotatePeak函数进行计算。作者提供了plotDistToTSS函数计算最近基因的TSS上游和下游的结合位点的百分比，并可视化这种分布。. plotDistToTSS(peakAnno, title="Distribution of transcription factor-binding loci\nrelative to TSS")