- Copilot 答案
分子群体遗传（十二）-- 利用连锁不平衡识别自然选择
2018年9月9日 · 最常用的方法就是通过单倍体纯合子（haplotype homozygosity）来识别受选择的突变位点。下面就介绍最常见的 EHH 、 iHH 、 iHS 等概念。 extended haplotype homozygosity(EHH),首先是有一个核心位 …
基于单倍型的选择信号检测方法 | Xianggui Dong
2020年2月20日 · 在 EHH 基础上， Voight 等(2006)提出了单倍型纯合性积分(integrated haplotype score, iHS)的检验方法, iHS 通过计算衍生等位基因(derived)和祖先等位基因 (ancestral) EHH 积分的比值进行检验。
群体遗传研究——选择信号 - 知乎 - 知乎专栏
2023年3月18日 · 常用群体内检测指标的计算方法大致分为三种： 1.基于核苷酸多态性降低的π、θw； 2.基于分离位点频率的Tajima’D； 3.基于连锁不平衡增加的EHH、 iHS 。
rehh:全基因组选择印记扫描 | Tao Yan
2019年8月12日 · Sabeti在2002年的时候提出了一种叫做Extended Haplotype Homozygosity (EHH)的统计方法，用来扫描全基因组范围内的选择印记。在此基础上又衍生出了iHS、XP-EHH以及Rsb等统计方法。R包rehh实现了这几种统 …
2021-01-04根据SNP验证自然选择—XPEHH分析 - 简书
2021年1月4日 · 常用群体内检测指标的计算方法大致分为三种：1.基于核苷酸多态性降低的π、θw；2.基于分离位点频率的Tajima’D；3.基于连锁不平衡增加的EHH、iHS。 以上三类指标对 …
生信小白成长记——如何使用rehh包计算群体间XP …
本期我们来聊一聊使用rehh包检测选择信号的另一种方法，计算群体间 XP-EHH (cross-population EHH)。如果上一期大家有练习的话那么这一节将会轻松很多。话不多说，直奔主题。 XP-EHH的定义. 输入文件. 使用rehh包计算XP-EHH的 …
"ehh"是什么意思？ -关于英语 (美国)（英文） | HiNative
ehh@ujmumwk: That means that their day was just so-so, or it could've been better.|Yeah this is like answering まあまあ|It could either mean that someone doesn't know what to say so they're using it as a filler word like "um," or they …
haploPS、XP-EHH、 Fst检测正向选择信号的实例介绍
2020年1月3日 · 正向选择分析方法：这里用了haploPS、XP-EHH、 Fst这三个方法扫描正向选择位点。 2.1 haploPS方法. 在case样本中P值小于0.05的基因组区域，且在control样本中，这些显著基因组区域没有达到显著水平。 2.2 XP-EHH …
Detecting recent positive selection in the human genome from
2002年10月9日 · EHH is defined as the probability that two randomly chosen chromosomes carrying the core haplotype of interest are identical by descent (as assayed by homozygosity …