gmx dssp allows using the DSSP algorithm (namely, by detecting specific patterns of hydrogen bonds between amino acid residues) to determine the secondary structure of a protein. One-symbol secondary structure designations that are used in the output file: H — alpha-helix; B — residue in isolated beta-bridge;

DSSP（Dictionary of Protein Se conda ry Structure）定义了一系列蛋白质的二级结构，包括3转角螺旋、α螺旋、5转角螺旋、转角、β折叠等等。 在 分子动力学模拟 或者 生物信息研究 中，常常需要分析蛋白质的二级结构的变化。 方法当然有很多，较为常见的还是利用DSSP软件对蛋白质pdb文件进行计算。 1. DSSP的安装. 两种方法，一种是直接源码编译，一种是直接下载别人编译好的可执行文件。 windows上可以源码编译，有兴趣有能力的朋友可以探索探索！

2024年1月14日 · GROMACS 2023用于计算蛋白二级结构的工具为dssp. 这个工具内置了计算二级结构的代码, 无须再借助外部工具, 并且使用了新版本DSSP算法, 可以识别PPII螺旋. 为此, GROMACS 2019中的do_dssp工具已经废弃. 由于这个工具是新增的, 功能还不完善, 有 …

本模块用于调用GROMACS完成蛋白质的二级结构（DSSP）计算。 使用本模块前请注意 前置处理 已经完成！ 对于GROMACS2022及以下的GROMACS版本，请自行安装好DSSP程序并设置好环境变量（可参考：https://zhuanlan.zhihu.com/p/380242442）。 DSSP同时存在3.0和4.0的版本，我们需要的是3.0版本。 建议使用conda安装DSSP3.0，会比较方便，例如： 新建环境并在新的独立环境中安装DSSP程序. 在最新的测试 (2024.02.24)中发现这样安装会缺依 …

gmx do_dssp reads a trajectory file and computes the secondary structure for each time frame calling the dssp program. If you do not have the dssp program, get it from https://swift.cmbi.umcn.nl/gv/dssp .

GROMACS 2023 以后，计算蛋白二级结构的工具从依赖外部程序的 do_dssp 换成了内置的dssp，并使用了新版本 DSSP 算法（version 4），可以识别 PPII 螺旋。 目前来看，Gromacs 对这个工具的功能做得还不完善，以前很…

gmx do_dssp 假定 dssp 可执行文件的路径为 /usr/local/bin/dssp。 否则，需要设置一个环境变量 DSSP，其值为 dssp 可执行文件的完整路径， 例如在 csh 中可以使用：setenv DSSP=/opt/dssp/bin/dssp。

使用 GROMACS 进行分子动力学模拟后，得到的轨迹可通过gmx do_dssp命令，调用DSSP对蛋白质的二级结构进行分析。本文将介绍如何安装DSSP，并分析蛋白质二级结构。 下载安装dssp. 1）下载dssp. sudo wget ftp://ftp.cmbi.ru.nl/pub/software/dssp/dssp-2.0.4-linux-amd64 -O /usr/local/bin/dssp

2022年3月21日 · 昨天本人已经用gromacs跑完了一个卵清蛋白亚基（PDBID:1OVA）的动力学，然后想对轨迹结合拓扑结构文件去调用do_dssp命令去计算这个亚基的二级结构随时间的变化情况（想得到.xpm文件）。

2023年12月15日 · 需要先安装dssp，然后把dssp的可以执行文件所在路径赋值给环境变量DSSP，然后才能用gmx do_dssp