gmx sasa computes solvent accessible surface areas. See Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos P, Sander C, & Scharf M (1995) J. Comput. Chem. 16, 273-284 for the algorithm used.

2018年8月23日 · gmx sasa算的是SASA，根据SAS的定义，没法说溶质与比如甲苯的接触面积。 本来算SASA的计算就需要定义一个溶剂球半径（程序默认用1.4埃，对应水的） 如果随便瞎算一下的数的话，可以尝试：比如算溶质和甲苯的接触，用溶质+甲苯算一次作为1，单独用溶质算一次 ...

2024年5月17日 · 关于大家对理论基础的不感兴趣. 以及只想关心软件操作命令. 那么后期有时间会将软件操作命令陆续测试发出

gmx sasa computes solvent accessible surface areas. See Eisenhaber F, Lijnzaad P, Argos P, Sander C, & Scharf M (1995) J. Comput. Chem. 16, 273-284 for the algorithm used.

2020年12月8日 · 我目前想要计算蛋白的极性表面积和疏水表面积，看到说gmx sasa可以实现该功能，使用命令gmx sasa-f production_500ns-noPBC.xtc-s production_500ns.tpr-n index2.n ...,计算化学公社

2020年12月19日 · 5、分析溶剂的可及表面积（SASA）选择SOL. gmx sasa -f hot_sample.trr -s cubic_em_hot_sample.tpr -o area.xvg. 它是描述蛋白质疏水性的重要手段，氨基酸残基的疏水性是影响蛋白质折叠的重要物理作用 6、将采样最后的构象与初始构象进行叠加比较，分析构象的变化 …

5、分析溶剂的可及表面积（SASA）选择SOL. gmx sasa -f hot_sample.trr -s cubic_em_hot_sample.tpr -o area.xvg . 它是描述蛋白质疏水性的重要手段，氨基酸残基的疏水性是影响蛋白质折叠的重要物理作用

2021年10月6日 · 溶剂可及表面积 (SASA)是描述蛋白质疏水性的重要参数。 可利用gmx sasa计算蛋白质的溶剂可及表面积: 提示时选择1 (Protein)并回车. 按照原子电荷在-0.2~0.2区间作为疏水区域，其它作为亲水区域。 -surface 后面定义为被计算的组，-output 后面定义单独输出哪些部分。 提取输出的结果，就可以作图啦！ 文章浏览阅读2.4k次，点赞3次，收藏4次。

2021年8月8日 · 我想计算的rasa=(残基在蛋白质链中的sasa)/(残基在单独存在的情况下的sasa)，想用来表示某种残基在蛋白链中的空间位置是靠外还是靠内。

gmx sasa -s md_0_1.tpr -f md_0_1_noPBC.xtc -surface 'group protein' -output '"Hydrophobic" group protein and charge {-0.2 to 0.2}; "Hydrophilic" group protein and not charge {-0.2 to 0.2}' -dt 100 > 1(protein)