gmx sham makes multi-dimensional free-energy, enthalpy and entropy plots. gmx sham reads one or more .xvg files and analyzes data sets. The basic purpose of gmx sham is to plot Gibbs free energy landscapes (option -ls) by Bolzmann inverting multi-dimensional histograms (option -lp), but it can also make enthalpy (option -lsh) and entropy ...

得到组合文件之后，我们就可以利用gmx的 sham 命令来生成自由能形貌图了。 sham 是一个挺复杂的命令，可以接受很多输入和输出，建议详细阅读 gmx help sham 给出的帮助信息。

2017年12月14日 · 在以前整理的 GROMACS分子动力学模拟教程: 多肽-蛋白相互作用 中, 提到了一种使用 gmx sham 计算自由能形貌图的简单方法. 这种方法适用于计算那种和两个变量相关的自由能形貌图, 并且容易作图.

2021年7月19日 · 对轨迹利用PCA的前两个主成分和gmx sham的结果做的自由能势能面图，我想请问一下z纵坐标自由能单位是什么？ x和y单位可以用nm吗？

gmx sham makes multi-dimensional free-energy, enthalpy and entropy plots. gmx sham reads one or more .xvg files and analyzes data sets. The basic purpose of gmx sham is to plot Gibbs free energy landscapes (option -ls) by Bolzmann inverting multi-dimensional histograms (option -lp), but it can also make enthalpy (option -lsh) and entropy ...

2024年7月5日 · 各位老师好，之前我从gromacs官网上了解到的关于gmx sham 命令的-b选项的解释，自己不是特别明白，在这里想再请教一下各位，-b后加的值代表时间还是数量？

The basic purpose of gmx sham is to plot Gibbs free energy landscapes (option -ls) by Bolzmann inverting multi-dimensional histograms (option -lp), but it can also make enthalpy (option -lsh) and entropy (option -lss) plots.

2022年7月5日 · 模型 的 拓扑 文件和坐标文件，在amber中，使用的后缀分别是*.prmtop和*.crd. 1.利用python的parm模块（要是装有amber，就有这个模块）进行top和crd文件格式转换： 编 …

2022年12月24日 · 合并rmsd.xvg和rg.xvg文件，把同一时间下的RMSD和Rg数据写在同一行，组合文件中包含三列：时间、RMSD、Rg，可使用如下命令实现。 3. 利用gmx的sham命令生成自由能形貌图。 -f：读入组合文件. -ls: 输出自由能形貌图. -nlevels: 设定FEL的层次数量. 更多参数设置请参考gmx help sham给出的帮助信息。 上面的 命令执行 之后，得到gibbs.xpm文件即为自由能形貌图。 4. 用 origin 绘制自由能形貌图. xpm文件可以通过多种方式查看，这里我们利 …

2024年8月25日 · 各位老师好，我之前使用gmx sham命令生成了xpm文件，之后使用脚本xpm2all.bash将xpm文件格式转化为gpl格式，再使用gnuplot进行绘制，如下图进行导入,但是却出现了报错。