GSEA第2弹！如何解读GSEA富集结果 - 知乎 - 知乎专栏
GSEA 对显著性的定义为 p-value<5%，FDR q-val<25%; FWER p-val：家庭错误率；也就是说，NES代表假阳性发现的更保守估计的概率; RANK AT MAX：当 ES 最大时，对应基因所在 …
GSEA User Guide - GSEA-MSigDB
To have GSEA rank the genes based on a different metric, use the Metric for ranking genes parameter of the Run GSEA Page. To have GSEA analyze a ranked list of genes that you …
基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA） - 知乎专栏
GSEA（Gene Set Enrichment Analysis），该方法发表于2005年的Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach forinterpreting genome-wide expression profiles，是一种基于基 …
GSEA背后的统计学原理 - 简书
2020年11月10日 · 基因集富集分析（GSEA）是一种计算方法，可确定先验定义的基因集是否在统计上显示两种生物学状态之间存在显着一致的差异。 GSEA首先由Mootha等人描述。 …
GSEA详细解释及结果解读 - 简书
2020年11月12日 · Gene Set Enrichment Analysis (基因集富集分析)用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的贡献。 其输入数 …
3.3.GSEA | Bioinformatics Tutorial - book.ncrnalab.org
本节我们讲介绍如何利用一个自定义的基因排序(Rank list)和自定义的基因集(Gene set)进行富集分析，主要使用GseaPreranked模块。我们的示例文件中包含了两个Gene Sets，GSEA会分别 …
FAQ - GeneSetEnrichmentAnalysisWiki - Broad Institute
2021年11月12日 · How does GSEA rank the genes in my dataset? By default, GSEA uses the signal-to-noise metric to rank the genes. Optionally, use the Metric for ranking genes …
Gene Set Enrichment Analysis · Pathway Guide - Pathway …
In this section we discuss the use of Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) to identify pathways enriched in ranked gene lists, with a particular emphasis on ordering based on a measure of …
FAQ - GSEA-MSigDB Documentation
GSEA can analyze the probe identifiers or collapse each probe set to a gene vector, where the gene is identified by a gene symbol. Collapsing the probe sets prevents multiple probes per …
Ranking metrics in gene set enrichment analysis: do they matter?
2017年5月12日 · Here, we present a complex comparison of multiple ranking metrics for GSEA, including ones implemented in standard Java application and novel metrics, that were …