Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that determines whether an a priori defined set of genes shows statistically significant, concordant differences between two biological states (e.g. phenotypes). The Gene Set Enrichment Analysis PNAS paper fully describes the algorithm.

基因集富集分析(Gene Set Enrichment Analysis, GSEA)是一种计算方法，用来确定一组先验定义的基因是否在两种生物状态之间显示出统计学上显著的、一致的差异。

GSEA（Gene Set Enrichment Analysis），该方法发表于2005年的Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach forinterpreting genome-wide expression profiles，是一种基于基因集的富集分析方法，在对基因表达数据分析时，首先确定分析的目的，即选择 MSigDB 中的一个或多个功能基因集 ...

Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that determines whether an a priori defined set of genes shows statistically significant, concordant differences between two biological states

2023年11月12日 · 定义：GSEA（Gene Set Enrichment Analysis）是一种基于基因集的富集分析方法， 用来评估一个预先定义的基因集的基因在与表型相关度排序的基因表中的分布趋势，从而判断其对表型的贡献. 基本原理： 使用预定义的基因集 (可以是GO注释、MsigDB的注释或其它符合格式的基因集定义)，将基因按照在两类样本中的差异表达程度排序，然后检验预先设定的基因集合是否在这个排序表的顶端或者底端富集。 基因集合富集分析检测 基因集合 而不是单个基因的 …

其实 GSEA 最重要的结果，一个是富集图，需要明白是这个通路在哪个组上调（激活还是抑制），然后是否显著；另一个便是每个通路的汇总信息，特别是每个通路的 leading edge subset，可以挑选出来进行深入的仔细解读。

2023年9月9日 · 在GSEA（基因集富集分析）中，信噪比（Signal-to-Noise Ratio）是一种度量方法，用于对基因进行排序。 这种排序方法是根据基因在两种样品中的差异表达程度或者表型相关度进行排序

2025年2月19日 · Finally, you will also learn the downstream processing of GSEA results, including efficiently visualizing the massive GSEA results, clustering, and simplifying GSEA results via various methods. We will also cover some other topics that are tightly related to GSEA analysis, such as multiple hypothesis testing.

文章通过GSEA分析，发现 与心脏发育有关的基因集 (影响心脏的收缩力、钙离子调控和新陈代谢活力等)在 iwt 组 (GATA基因野生型)中普遍表达更高，而在 G296S 组 (GATA基因的一种突变体)中表达更低； 而对于参与内皮或内膜发育的基因集，在 iwt 组中表达更低，在 G296S 组中表达更高。 作者根据这个图和其它证据推测 iwt 组的心脏发育更加完善，而 G296S 组更倾向于心脏内皮或内膜的发育，即GATA基因的这种突变可能导致心脏内皮或内膜的过度发育而导致心脏相关疾 …

GSEA Results# 1. Where are the GSEA statistics (ES, NES, FDR, FWER, nominal p value) described?# For brief descriptions of the statistics that appear in the GSEA analysis report, see Interpreting GSEA in the GSEA User Guide. The GSEA …