Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that determines whether an a priori defined set of genes shows statistically significant, concordant differences between two biological states (e.g. phenotypes). The Gene Set Enrichment Analysis PNAS paper fully describes the algorithm.

Explore the Molecular Signatures Database (MSigDB), a collection of annotated gene sets for use with GSEA software. View documentation describing GSEA and MSigDB. View guidelines for using RNA-seq datasets with GSEA. Use the GenePattern platform to run analyses, including classical GSEA and a variation designed for single-sample analysis (ssGSEA).

在GESA官网 (gsea-msigdb.org/)中，我们可以下载官方提供给我们的基因集，但官方只提供了有限的一些基因集，只有人类的9大类基因集，包括了Pathway、GO、 Reactome 等，如果我们要做其它物种，如大鼠、小鼠、拟南芥等，就需要自己根据其它物种的已有注释信息，构建可运行的GSEA基因集格式。 PS：如果有必要，研究者完全可以自行根据文献或者其它数据来源，构建一个或多个全新的注释条目，同样可以使用GSEA的方法运行。 GSEA基因集下载 现在官方下载的 …

GSEA（Gene Set Enrichment Analysis），该方法发表于2005年的Gene set enrichment analysis: a knowledge-based approach forinterpreting genome-wide expression profiles，是一种基于基因集的富集分析方法，在对基因表达数据分析时，首先确定分析的目的，即选择 MSigDB 中的一个或多个功能基因集 ...

Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that determines whether a pre-defined set of genes (ex: those beloging to a specific GO term or KEGG pathway) shows statistically significant, concordant differences between two biological states.

Download scientific diagram | Top-10 enrichment plot from gene-set enrichment analysis (GSEA) a, GSEA indicates that biological processes associated with transcription and cell migration...

2025年1月8日 · GSEA会考虑原始 基因表达矩阵 中的每一个基因，将基因按照某个指标（例如FC，与表型的相关性等）进行排序，得到一个排序列表，然后检查预定义的 基因集 合中的基因是否在排序列表的顶端或者底端富集。 先注册一个账号. 然后下载app ， 选择适合的版本. 我使用kegg数据分析，点击c2进去下载页面. 官网介绍. 注意需要将excel表格另存为.txt格式，这样软件才能识别。 行名为基因名，列名为样本名。 分组文件准备。 第1行包含3个数值，必须用空格分 …

文章通过GSEA分析，发现 与心脏发育有关的基因集 (影响心脏的收缩力、钙离子调控和新陈代谢活力等)在 iwt 组 (GATA基因野生型)中普遍表达更高，而在 G296S 组 (GATA基因的一种突变体)中表达更低； 而对于参与内皮或内膜发育的基因集，在 iwt 组中表达更低，在 G296S 组中表达更高。 作者根据这个图和其它证据推测 iwt 组的心脏发育更加完善，而 G296S 组更倾向于心脏内皮或内膜的发育，即GATA基因的这种突变可能导致心脏内皮或内膜的过度发育而导致心脏相关疾 …

Gene Set Enrichment Analysis (GSEA) is a computational method that determines whether an a priori defined set of genes shows statistically significant, concordant differences between two biological states (e.g. phenotypes). The Gene Set Enrichment Analysis PNAS paper fully describes the algorithm.

2025年2月26日 · GSEA analyzes gene expression analysis data by ranking genes based on their correlation with a phenotype using statistical measures, such as the signal-to-noise ratio or fold change. It then calculates an enrichment score (ES) for each predefined gene set, assessing its distribution within the ranked list.