The most complete collection of uniformly processed ChIP-seq data on identification of transcription factor binding sites for human and mouse. Convenient web interface with advanced search, browsing and genome browser based on the BioUML platform. For support or any questions contact [email protected].

2023年2月17日 · 来自俄罗斯研究人员开发了基因转录调控数据库：GTRD（Gene Transcription Regulation Database），为转录调控研究提供最全面的 ChIP-seq 实验数据资源，并提供实用的转录因子与靶基因查询功能。 网址： GTRD. 以 TP53 为例： 1.打开GTRD主页，点击“start” 2.找到“ Genes regulated by the specified transcription factor ”这一栏，根据自己需求选择 TF binding site location，Organism和Transcription factor，点击“Run”，等待出结果。 3.在结果界面，可以看 …

2017年10月18日 · The most complete collection of uniformly processed ChIP-seq data on identification of transcription factor binding sites for human and mouse. Convenient web …

The Georgia Tech Research Corporation (GTRC) is the contracting entity for all sponsored activities for colleges and other units at Georgia Tech that are not part of the Georgia Tech Research Institute (GTRI), the applied research division of the institute.

2021年3月28日 · 来自俄罗斯研究人员开发了基因转录调控数据库：GTRD（Gene Transcription Regulation Database），为转录调控研究提供最全面的ChIP-seq实验数据资源，并提供实用的转录因子与靶基因查询功能。 其相关研究成果已发表在《Nucleic acids research》。 ChIP-seq是一种广泛用于识别给定转录因子结合区域的技术。 基于全球大量的ChIP-seq数据集积累，已建立了一些专有数据库。 但是这些数据库没有集成来自不同ChIP-seq实验数据提供非冗余的转录因子 …

2020年12月13日 · 由俄罗斯学者整理，在SRA、ENCODE、GEO等资源库收集公共的ChIP-seq试验并鉴定转录因子结合位点，提供了公开数据下载。 GTRD数据库的开发始于2011年，自发布以来，数据库一直在保持更新。 以下是2019年作者发表的文章，总结了目前数据库的资源信息。 总的来说，相比最初的版本，主要改进可归纳如下。

2021年3月27日 · GTRD——基因转录调控数据库，是由人类和小鼠的ChIP-seq实验识别的转录因子结合位点（TFBS）的数据库。 原始ChIP-seq的数据从ENCODE和SRA获得并进行统一处理：（i）使用Bowtie2比对; （ii）使用峰值探测软件MACS，SI***，GEM和PICS得到ChIP-seq峰值; （iii）相同的因子和软件，但不同的实验条件（细胞系，治疗等）得到的峰值被合并成簇; （iv）不同软件生成的这些簇被融合并视为不重复的TFBS集合。 除了关于基因组中位置的信息之外， …

2019年4月17日 · GTRD从SRA, GEO, ENCODE等公共数据库中收集转录因子相关的chip_seq数据，采用标准流程进行peak calling分析，并基于已有的转录因子motif数据，预测了转录因子结合位点TFBS, 数据库网址如下. 整个数据库构建的pipeline示意如下. 采用bowtie2将reads与基因组进行比对，并利用MACS,SISSRS等4款 软件 进行peak calling, 得到转录因子的peak区域。 对于同一个转录因子，同一种peak caling软件得到的peak区域，如果两个peak区间的中心距离小于50bp的 …

Gene Transcription Regulation Database (GTRD) is a database of transcription factor (TF) binding sites identified from ChIP-seq experiments that were systematically collected and uniformly processed using a special workflow (pipeline) for a BioUML platform (http://www.biouml.org). Raw ChIP-seq data and experiment information were collected from:

The current version of the Gene Transcription Regulation Database (GTRD; http://gtrd.biouml.org) contains information about: (i) transcription factor binding sites (TFBSs) and transcription coactivators identified by ChIP-seq experiments for Homo sapiens, Mus musculus, Rattus norvegicus, Danio rerio, Caenorhabditis elegans, Drosophila melanogast...