HiC-Pro was designed to process Hi-C data, from raw fastq files (paired-end Illumina data) to normalized contact maps. It supports the main Hi-C protocols, including digestion protocols as well as protocols that do not require restriction enzymes such as DNase Hi-C.

2022年11月12日 · HiC-Pro是2015年发表的一款处理Hi-C数据用来辅助组装基因组的工具，也是现在主流应用的一款工具。 记录一下自己如何使用这个软件的，之前的安装记录见另一篇文章 Hic-Pro安装。

2015年12月1日 · Here, we present HiC-Pro, an easy-to-use and complete pipeline to process Hi-C data from raw sequencing reads to normalized contact maps. HiC-Pro allows the processing of data from Hi-C protocols based on restriction enzyme or nuclease digestion such as DNase Hi-C [4] or Micro-C [16].

HiC-Pro是一个高效率的Hi-C数据预处理工具，能够应用于dilution Hi-C, in situ Hi-C, DNase Hi-C, Micro-C, capture-C, capture Hi-C 和 HiChip 这些数据。 HiC-Pro的工作流程如下, 简单的说就是先双端测序各自比对，然后进行合并，根据合并的结果筛选有效配对。

How can I generate my annotation files ? Why HiC-Pro need to be run in two steps in parallel mode ? Does HiC-Pro support other mappers ? How can I create N-masked genome for allele-specific analysis ? What can I do once I have the iced contact maps How can I visualize the maps generated by HiC-Pro How much disk space is require for running HiC-Pro

2024年9月10日 · 有问题看官方 https://github.com/nservant/HiC-Pro/blob/master/doc/MANUAL.md。 例如： 我用的是arima，所有参数配置参考 参考 https://github.com/nf-core/hic/issues/127； 其他无关参数建议空着默认即可 https://github.com/nservant/HiC-Pro/issues/214。

2024年5月21日 · 文章浏览阅读4.2k次，点赞15次，收藏25次。 上一篇博文记录了hicpro在服务器的安装教程，各种依赖都是手动安装，这篇换了一种方法实现，原理都是一样的。 3. 进入HiC-Pro-3.1.0配置config-install.txt。 11. 配置config-hicpro文件，复制到hictest项目文件夹下。 1.

HiC-Pro proposes a fast implementation of the original ICE normalization algorithm (Imakaev et al. 2012), making the assumption of equal visibility of each fragment.

HiC-Pro 是一个很棒的Hi-C数据处理软件，能够直接输出后面可视化需要的矩阵文件和.bed文件，换句话说它就是一个封装的数据处理pipeline。 但安装比较麻烦，需要手动修改config。 HiC-Pro的运作流程：

2020年7月11日 · HiC-Pro可以用来处理Hi-C数据，从原始的fastq文件 (配对端Illumina数据)到标准化的交互图谱。 简单的来说就是将Hi-C数据比对到拼装好的参考基因组上，并形成交互文件去存储Hi-C数据。