生信步骤｜MAFFT结合HMMER进行多序列比对和基于隐马模型的 …
2022年11月18日 · HMMER能够从蛋白或核酸序列中提取出域家族从而构建隐式马尔可夫模型（profile hidden Markov models, profile HMMs），从而用于同源序列检索，注释新的序列。 需 …
隐马模型是如何应用于序列比对的？ - 知乎
你已知序列，属于某个蛋白家族，那么使用已有蛋白家族成员的序列信息，你可以生成一个HMM模型（一般叫profile） ，有了这个模型，你可以计算，怎么把你手头序列插gap，算错配，得到 …
What are profile hidden Markov models? | Pfam - EMBL-EBI
Profile HMMs are probabilistic models that encapsulate the evolutionary changes that have occurred in a set of related sequences (i.e. a multiple sequence alignment). To do so, they …
利用 hmmer 构建隐马尔可夫模型并寻找同源基因 - 知乎
隐马尔可夫模型 (Hidden Markov model, HMM)是用于序列标注的概率图模型，描述一个隐藏的马尔科夫链生成不可观测的状态序列，再由每个状态生成一个观测而产生一个观测序列的过程， …
隐马尔可夫模型最详细讲解 HMM (Hidden Markov Model)
2020年4月10日 · 隐马尔科夫模型（Hidden Markov Model，以下简称HMM）是比较经典的机器学习模型了，它在语言识别，自然语言处理，模式识别等领域得到广泛的应用。 当然，随着目 …
多序列比对算法MAFFT以及HMMER和profile文件的使用 - CSDN博客
HmmerAlign使用一个代表序列的小种子对齐来创建一个profile HMM，然后将该profile HMM用作对齐整个序列集的模板. 一般来说，在蛋白质建模过程中，profile文件（PSSM或者profile …
Hmmer安装与使用-Hmmer-3.3.2（bioinfomatics tools-009）
2024年3月8日 · HMMER是一种基于隐马尔可夫模型（HMM）的深度学习算法，现已成为代替BLAST算法进行基因家族鉴定的有力工具。 利用 hmmer 构建隐马尔可夫模型并寻找同源基因。
HMM隐马尔可夫模型的例子、原理、计算和应用 - 知乎
HMM隐马尔可夫模型是关于时序的概率模型，描述由一个隐藏的马尔可夫链随机生成不可观测的状态的序列，再由各个状态随机生成一个观测从而产生观测序列的过程。
Using HMMs for Profile Analysis of a Protein Family - MathWorks
HMM profile analysis can be used for multiple sequence alignment, for database searching, to analyze sequence composition and pattern segmentation, and to predict protein structure and …
HMMER3鉴定基因家族成员 - 知乎
HMM（Hidden Markov Model,隐马尔科夫模型），是一种序列特征谱（Profile），其搜索是基于蛋白质多序列比对结果中的保守序列区域进行检索，并考虑了不同保守度的氨基酸在相应位置的 …