NCBI36 - hg18 - Genome - Assembly - NCBI
Homo sapiens (human) genome assembly NCBI36 (hg18) from International Human Genome Sequencing Consortium [ GCF_000001405.12]
Index of /goldenPath/hg18/bigZips - UCSC
This directory contains the Build 36.1 finished human genome assembly (hg18, Mar. 2006). The chromosomal sequences were assembled by the International Human Genome Project sequencing centers. Files included in this directory: chromAgp.zip - Description of how the assembly was generated, unpacking to one file per chromosome.
NCBI官方基因组坐标转换工具(二) - 简书
这里主要提供了人的转换文件，比如要把hg38换成hg19的，就直接下载 (Chain file for hg38 to hg19 conversion) 这个版本就可以了。 其实输入的原始坐标文件有很多种类型都能接受如bed、bam、wig、GFF/GTF、VCF、maf等，常见的是bed文件，该bed文件至少包含chr,start,end 这3列，用tab键分割，也可以包含更多列，如strand,ref.Function等信息，但最多只能有12列。 python3 CrossMap.py bed hg38ToHg19.over.chain.gz in.origion.hg38.bed out.convert.hg19.bed.
UCSC ENSEMBL NCBI基因组各个版本对应关系 下载地址 - 简书
2019年5月19日 · NCBI的版本包括GRCh36,37,38，UCSC包括hg18,19,38, ENSEMBL有各种release，他们之间的对应关系如下： GRCh36 (hg18): ENSEMBL release_52. GRCh37 (hg19): ENSEMBL release_59/61/64/68/69/75.
UCSC LiftOver工具对不同版本的基因组坐标进行转换 - 卖萌控的博客
人类基因组计划自启动以来，目前已经出了很多版本的人类基因组，例如hg18, hg19, GRCh37, GRCh38。 为了将不同版本的基因组位置信息一一对应，UCSC 推出了...
常用或特别的人类fasta参考基因组下载链接 - CSDN博客
2023年5月3日 · 以下数据由于默认参考坐标是过去的NCBI36（hg18），不是当前通用的GRCh37（hg19）或GRCh38（hg38）参考坐标，因此在一般情况下请谨慎下载使用。 一、HapMap（NCBI） 1.
生信地基系列--基因组坐标转换工具 - 简书
2022年8月9日 · CrossMap 是用于不同组装(例如 hg18(NCBI36) < = > hg19(GRCh37))之间的基因组坐标转换的程序。 它支持常用的文件格式，包括 BAM、 CRAM、 SAM、 Wiggle、 BigWig、 BED、 GFF、 GTF、 MAF VCF 和 gVCF。
UCSC数据库上手指南(二)——UCSC LiftOver工具对不同版本的基因 …
人类基因组计划自启动以来，目前已经出了很多版本的人类基因组，例如hg18, hg19, GRCh37, GRCh38。 为了将不同版本的基因组位置信息一一对应，UCSC 推出了一个基于基因组序列的转换工具LiftOver。
基因组各种版本对应关系 | 生信菜鸟团
反正你记住hg19基因组大小是3G，压缩后八九百兆即可！ 如果要下载GTF注释文件，基因组版本尤为重要！ 1. Navigate to http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables. 2. Select the following options: region: Select "genome" for the entire genome. 3. Click 'get output'. 现在重点来了，搞清楚版本关系了，就要下载呀！ http://hgdownload.cse.ucsc.edu/goldenPath/mm10/bigZips/chromFa.tar.gz.
Index of /goldenPath/hg18/liftOver - UCSC
For example, a file named hg18Tohg19.zip file contains the liftOver data needed to convert hg18 (Human Build 36) coordinates to hg19 (Human Build GRCh37). If no file is available for the assembly in which you're interested, please send a request to the genome mailing list ([email protected]) and we will attempt to provide you with one.