2014年12月18日 · We use in situ Hi-C to probe the 3D architecture of genomes, constructing haploid and diploid maps of nine cell types. The densest, in human lymphoblastoid cells, contains 4.9 billion contacts, achieving 1 kb resolution. We find that genomes are partitioned into contact domains (median length, 185 k …

Hi-C 技术源于基因组捕获技术（Chromosome conformation capture， 3C），是分析染色质三维空间结构的一种测序方法，用于研究三维基因组。 什么是三维基因组？ 用途： 1、甲醛固定. 先加入甲醛将基因组中参与染色质互作作用的蛋白质凝固。 一般将活体样本在室温用 1-3%的甲醛处理 10-30min，但是此步骤会减少限制内切酶对DNA序列的消化效率，需要严格控制。 2、酶切序列. 用限制性内切酶切割基因组，打断后的片段大小会影响测序分辨率，一般有两种酶可供选 …

Hi-C is a high-throughput genomic and epigenomic technique to capture chromatin conformation (3C). [1] .

单细胞 Hi-C 技术为研究细胞类型间的基因组结构差异、细胞发育和疾病中的细胞异质性提供了突破性的机会。 它已被应用于揭示不同细胞类型中的染色体亚结构和基因调控网络。

2024年10月18日 · Here we introduce Droplet Hi-C, which uses a commercial microfluidic device for high-throughput, single-cell chromatin conformation profiling in droplets. Using Droplet Hi-C, we mapped the...

2020年6月26日 · Five of our eHi-C datasets meet this sequencing depth requirement, including human induced pluripotent stem cells (hiPSCs), derived human neural progenitor cells (hNPCs), human neurons (hNeurons), and two postmortem brain tissues (fetal cerebrum and adult anterior temporal cortex) .

2023年6月9日 · Here, we developed an assay named "Hi-C and RNA-seq employed simultaneously" (HiRES) and performed it on thousands of single cells from developing mouse embryos.

2024年4月18日 · Higashi是一种基于超图的表示学习算法，可以结合单个细胞间的潜在相关性来增强接触图的整体插补方法。 这一方法将Hi-C接触矩阵转换为超图，并将contact信息和bin信息分别作为图的边与节点进行保存，并利用Hyper-SAGNN架构进行预测，被证明可以有效的对稀疏scHi-C矩阵进行插补。 Hyper-SAGNN是一种基于self-attention机制的图神经网络，可以有效完成节点分类和超边预测等任务，对大小可变的异质性超边有很好的预测性能，因此较为适合scHi-C数 …

Higashi can impute single-cell Hi-C contact maps, enabling detailed characterization of 3D genome features such as TAD-like domain boundaries and A/B compartment scores at single-cell resolution. We now have Fast-Higashi on conda. conda install -c ruochiz fasthigashi. The conda support for Higashi is still an on-going effort.

2013年9月25日 · A novel genomic technique, single-cell Hi-C, detects thousands of simultaneous chromatin contacts in a single cell; this is used to show that individual chromosomes maintain domain...