2025年1月13日 · 原文：本节介绍了如何使用 HiCExplorer 完成一系列典型的 Hi-C 数据分析 任务。 解读：本部分是 HiCExplorer 的实践教程，目标是带领用户完成从 数据预处理 到结果可视化的 Hi-C 数据分析流程。 适合对 Hi-C 分析流程不熟悉的初学者。 2. 输入数据准备. 需要比对后的 BAM 文件，其中包含 Hi-C 实验中产生的配对读取信息。 提供参考基因组染色体大小的文件。 其他选项参数可以根据实验需求进行调整。 BAM 文件：这些文件包含 Hi-C 数据与参考基因组 …

The head injury criterion (HIC) is a measure of the likelihood of head injury arising from an impact. The HIC can be used to assess safety related to vehicles, personal protective gear, and sport equipment.

Hi-C 技术源于基因组捕获技术（Chromosome conformation capture， 3C），是分析染色质三维空间结构的一种测序方法，用于研究三维基因组。 什么是三维基因组？ 用途： 1、甲醛固定. 先加入甲醛将基因组中参与染色质互作作用的蛋白质凝固。 一般将活体样本在室温用 1-3%的甲醛处理 10-30min，但是此步骤会减少限制内切酶对DNA序列的消化效率，需要严格控制。 2、酶切序列. 用限制性内切酶切割基因组，打断后的片段大小会影响测序分辨率，一般有两种酶可供选 …

HiC-Pro was designed to process Hi-C data, from raw fastq files (paired-end Illumina data) to normalized contact maps. It supports the main Hi-C protocols, including digestion protocols as well as protocols that do not require restriction enzymes such as DNase Hi-C.

Hi-C技术源于染色体构象捕获（Chromosome Conformation Capture, 3C）技术，利用 高通量测序 技术，结合生物信息分析方法， 研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质三维结构信息。 通过 Scaffold 间的交互频率大小，可以对已组装的基因组序列进行纠错。 基因信息不再仅仅是contig片段，而是被划分至染色体上，成为染色体水平。 无需辛苦的构建群体，单一一个体就能实现染色体定位。 相比遗传图谱，标记密度更大，序列定位更完整 …

6 天之前 · The R HiCExperiment package aims at unlocking HiC investigation within the rich, genomic-oriented Bioconductor environment. It provides a set of classes and import functions to parse HiC files (both contact matrices and pairs) in R, allowing random access and efficient genome-based subsetting of contact matrices.

Hydrophobic interaction chromatography (HIC) is a chromatographic technique that mainly targets the separation of biomolecules (intact proteins, monoclonal antibodies, etc.) based on the difference in surface hydrophobicity while applying ...

2019年8月31日 · 该步骤最终生成一个bam文件，一个h5文件，以及一个hicQC文件夹报告，改报告写的比较详细，懂Hi-C的一般都能看懂，里面包含了比对率，数据有效利用率等信息；h5这个文件格式比较复杂，操作起来需要hicmatrix包的HiCMatrix 函数； 4.画热图： 文章浏览阅读1.4w次，点赞10次，收藏32次。 这篇算是hicexplorer官网手册的简单罗列，加上一些自己使用的心得（不断修正中)_hicexplorer.

2024年10月29日 · HiCDCPlus can take the outputs of the popular Hi-C pre-processing tools such as .hic (from Juicebox), .matrix, and .allValidPairs (from HiC-Pro). It can also be used with HTClist objects (from Bioconductor package HiTC).

Hi-C is an assay that uses DNA-DNA proximity ligation to identify long range chromatin contacts in an unbiased, genome-wide fashion. This gives insight about the 3D architecture of the genome inside the nucleus. In a typical Hi-C assay, cells are fixed, causing loci in close spatial proximity to be cross-linked with one another.