Hydrophobic Interaction Chromatography Products - Cytiva
Hydrophobic interaction chromatography (HIC) separates proteins according to differences in their surface hydrophobicity. HIC utilizes a reversible interaction between the proteins and the …
个人hic分析流程搭建6—Loop模块分析 - CSDN博客
2024年10月29日 · 本文将深入探讨HiC-HiC分析技术，阐述其原理、实验流程、数据分析方法，以及它在研究染色体结构和功能中的应用。 一、HiC-HiC技术原理 HiC-HiC技术的核心是基于DNA断裂和连接的原理。在实验中，细胞核内的DNA被酶...
HIC测序数据生信分析——第二节，预处理HIC数据-CSDN博客
2023年9月20日 · 本文讲述了HIC数据预处理的三种工具：Hicup、ALLHiC和juicer，涉及软件安装、数据清洗和比对步骤，以优化HIC数据分析过程。 以上三种方法，选择一种，完成HIC数据预处理工作。 这一步是所有二代数据都要做的，使用 软件 Trim_galore和 fastqc，修剪低质量的碱基和接头序列，过滤低质量的Reads。 可以使用seqkit软件做fastq文件的统计，很方便快速。 这里预处理的意思是：对HIC数据中嵌合体序列进行修剪，与contig水平基因组比对（通常单端比对， …
HiCUP对HiC数据进行预处理 - 知乎 - 知乎专栏
HiCUP (Hi-C User Pipeline) 是由英国 Babraham研究所 开发的一款用于预处理HiC数据的软件，该软件利用HiC建库过程中使用的 限制性内切酶 识别原始 HiC reads 的酶切位点和参考基因组的酶切位点文件，然后通过比对、过滤和去重复步骤来获得有效的HiC数据用于下游分析。 它主要通过5个perl脚本（除控制脚本）实现目的。 HiCUP Digester脚本通过指定Type Ⅱ限制性内切酶（其通常识别4-8个核苷酸的单个未切割的回文序列）来切割参考基因组，从而生成整个参考基因组 …
Selection kit for HIC resins in HiTrap columns - Cytiva
HiTrap HIC Selection Kit is designed for rapid screening for the most appropriate hydrophobic interaction chromatography (HIC) resin and experimental conditions. High likelihood of finding suitable HIC resin – contains seven different resins.
HiCExplorer 官方文档内容解读 - CSDN博客
2025年1月13日 · 原文：本节介绍了如何使用 HiCExplorer 完成一系列典型的 Hi-C 数据分析 任务。 解读：本部分是 HiCExplorer 的实践教程，目标是带领用户完成从 数据预处理 到结果可视化的 Hi-C 数据分析流程。 适合对 Hi-C 分析流程不熟悉的初学者。 2. 输入数据准备. 需要比对后的 BAM 文件，其中包含 Hi-C 实验中产生的配对读取信息。 提供参考基因组染色体大小的文件。 其他选项参数可以根据实验需求进行调整。 BAM 文件：这些文件包含 Hi-C 数据与参考基因组 …
「Workshop」第二十五期：HiC 数据处理简介 - 知乎
Hi-C技术源于染色体构象捕获（Chromosome Conformation Capture, 3C）技术，利用 高通量测序 技术，结合生物信息分析方法， 研究全基因组范围内整个染色质DNA在空间位置上的关系，获得高分辨率的染色质三维结构信息。 通过 Scaffold 间的交互频率大小，可以对已组装的基因组序列进行纠错。 基因信息不再仅仅是contig片段，而是被划分至染色体上，成为染色体水平。 无需辛苦的构建群体，单一一个体就能实现染色体定位。 相比遗传图谱，标记密度更大，序列定位更完整 …
硬实力|论Hi-C实验疑难样品如何解决 - 知乎 - 知乎专栏
高通量 染色体构象捕获 （High-throughput chromosome conformation capture，Hi-C）技术于2009年首次被Lieberman-Aiden提出，目前已成为3D基因组学中探索染色体空间交互作用的重要实验手段。 另外在辅助基因组组装方面，伴随三代测序技术的快速发展，越来越多高质量、染色体级别的动植物基因组被组装出来，在这个过程中，Hi-C技术也功不可没。 而获取一切Hi-C数据的基础和关键便是Hi-C实验，实验的质量决定了数据的质量，针对不同的物种、组织类型及样品状 …
干货！疏水层析(HIC)选择指南 - 翌圣生物
疏水层析是根据物质的疏水性质进行分离的技术。 蛋白疏水性取决于表面的氨基酸残基带的疏水基团多少和强弱。 除了通过蛋白质的结构来预测蛋白的疏水性以外，我们还可根据蛋白开始盐析沉淀的盐浓度为基础来评价蛋白的相对疏水性。 图1是用四种标准蛋白质在琼脂糖苯基高分辨率介质上的层析图谱应用举例。 与几乎所有的色谱图一样，左侧的垂直轴显示的是UV吸收值，通过盐浓度的变化可以实现四种蛋白的完全分离，如果考虑它们的三级结构，我们会发现疏水性弱的蛋白 …
HiC数据分析 - Hi-C文库数据质控及解读 - 《三维基因组学学习笔 …
2017年11月29日 · Hi-C的发明与二代测序完美结合，解决了5C在全基因组水平构象数据量瓶颈的问题，使得在全局范围内研究三维结构成为可能。 早期的实验方案认为，去垢剂SDS在对交联的细胞核进行处理时，即使是低浓度的SDS（0.3%-1%SDS）在加热到65℃时，会导致细胞核碎裂，基因组的DNA会释放到溶液中，因此第一版本的Hi-C，在酶连反应体系下，选用了近8ml的大连接体系。 后来，4C研发人员通过用显微镜观测SDS处理细胞核，发现细胞核仍然维持在一个较为 …
- 某些结果已被删除