HMMER is used for searching sequence databases for sequence homologs, and for making sequence alignments. It implements methods using probabilistic models called profile hidden Markov models (profile HMMs). HMMER is often used together with a profile database, such as Pfam or many of the databases that participate in Interpro.

2024年3月8日 · HMMER用于搜索序列 数据库 以查找序列同源物，并进行序列比对。 它实现了使用概率模型称为Profile Hidden Markov Models（profile HMMs）的方法。 HMMER通常与profile数据库一起使用，例如 Pfam 或许多参与 Interpro 的数据库。 但是，HMMER也可以使用查询序列，而不仅仅是profiles，就像 BLAST 一样。 例如，您可以使用phmmer对蛋白质查询序列进行数据库搜索，或者使用jackhmmer进行迭代搜索。 HMMER旨在尽可能敏感地检测 远程同源物， …

HMMER searches biological sequence databases for homologous sequences, using either single sequences or multiple sequence alignments as queries. HMMER implements a technology called "profile hidden Markov models" (profile HMMs).

2018年2月7日 · HMMER3.1官方下载地址：http://hmmer.org/download.html。 HMMER3.1使用手册：http://eddylab.org/software/hmmer3/3.1b2/Userguide.pdf。 # 直接下载匹配OS的二进制包，根本就不需要进行安装，只要稍微设置一下PATH变量就可以使用了，非常方便。

2021年8月21日 · hmmer 可用于进行灵敏的同源搜索、蛋白结构域的自动注释、深度多重比较数据集的管理等领域。此外 hmmer 3 不仅仅适用于多个比对，也适用于单序列比较。两两序列比较只是轮廓隐马尔可夫模型的一个特例。hmmer 可以使用 blosum 替换矩阵来参数化仅从一个序列 ...

HMMER is used for searching sequence databases for sequence homologs, and for making sequence alignments. It implements methods using probabilistic models called profile hidden Markov models (profile HMMs). HMMER is often used together with a profile database, such as Pfam or many of the databases that participate in Interpro.

简单来说，就是通过已知的同源基因序列，在算法中进行机器学习后生成一个隐马尔可夫模型，然后我们可以利用这个模型来预测其他物种中是否存在这样的同源基因序列。 这样的隐马尔可夫模型其实就是 pfam数据库 上的以“.hmm”为后缀的文件。 我们在做基因家族鉴定的时候，用到的 hmmsearch，就必须要求输入这样的hmm文件以及基因序列fasta文件。 关于hmm软件的下载和安装，这里就不多解释了，因为之前写过的推文里有，不会的请看这篇推文。 本文主要说一下 …

2022年10月12日 · windows系统安装HMMER 3.0，下载地址： http://hmmer.janelia.org/static/binaries/hmmer3.0_windows.zip. 选中网址--右击--选择迅雷下载，即可下载，下载后解压即可（建议直接解压到分区盘，如D盘下，为方便使用可以把文件夹名称Hmmer 3.0直接改为Hmmer）。 添加环境变量

从功能基因研究的角度来讲，相关的搜索，比如从序列数据库中，找同源的序列，或者对一个新的基因功能进行鉴定，使用hmmer比使用blast有着更高的灵敏度以及更高的搜索速度，但其应用远没有blast普及。

HMM（Hidden Markov Model, 隐马尔科夫模型），是一种序列特征谱（Profile），其搜索是基于蛋白质 多序列比对 结果中的保守序列区域进行检索，并考虑了不同保守度的氨基酸在相应位置的权重，可以更为敏感的检测到进化距离较远的蛋白质相关性，得到更为灵敏的比对结果。 HMMER 即是基于此方法开发的软件。 HMMER可以作为命令行工具，进行本地下载和安装，现在也可以通过EBI的服务器在线访问。 具体用法如下：首先从 Pfam 下载某基因家族特有的HMM，然后使 …