2024年7月16日 · HOMER was primarily written as a de novo motif discovery algorithm and is well suited for finding 8-20 bp motifs in large scale genomics data. HOMER contains many useful tools for analyzing ChIP-Seq, GRO-Seq, RNA-Seq, DNase-Seq, Hi-C and numerous other types of functional genomics sequencing data sets.

HOMER是一套基于 C++ 和 Perl 语言的用于 motif 查找和二代数据分析的工具，一般需要两个序列作为参数： 参考序列：hg19、mm10 等基因组序列、promoter 序列、自定义的 FASTA 序列

HOMER2 is a set of matlab scripts used for analyzing fNIRS data to obtain estimates and maps of brain activation. This set of scripts has evolved since the early 1990s first as the Photon Migration Imaging toolbox, then HOMER1, and now HOMER2.

2021年8月20日 · 目前我只用过 findMotifs.pl 这个功能，可以根据给定的基因ID或者fasta文件寻找已知的或潜在的转录因子结合区域，即 motif，并给出对应的TF和统计数据。 养成好习惯，记 …

HOMER2 and related tools are integrated into HOMER starting with version v5. Please see the HOMER download/installation page for detailed instructions. Note: Most of the HOMER2 routines can work with BED/FASTA files and do not require the download of …

Homer2是一款基于 MATLAB 的工具包，是fNIRS数据的分析和显示的一个常用的免费开源平台，是由来自 MGH-Martinos 生物医学成像中心 和 匹兹堡大学 的多位学者联合开发的。 该工具包用于分析fNIRS 数据以获得大脑激活的估计值和地形图。 Homer2中包含有丰富的处理函数可以通过GUI界面灵活选择设置处理流，从而对fNIRS 数据进行预处理。 单就运动伪迹去除就提供了多种常用的方法，如样条插值（Spline）、 主成分分析 （PCA）、小波分析（Wavelet）等。 …

Homer2使用中的一些常见问题： homer-fnirs.org/faq/ 除了这里面提及的问题，有一点要注意的是在使用参数检验时，没有default掉Homer2很有可能导致程序报错。 二、Homer2可识别的NIRS文件格式. Probe source-detector 探头排布：.sd files fNIRS experimental 数据格式：.nirs filesData processing stream处理过程：. cfg file sProcessed data files结果文件：groupResults.mat. 2.1 . SD file format 排布文件格式：描述 2D源/探测器几何结构 Matlab .sd 文件包含结构体变量 SD，其 …

2021年12月11日 · 最简单的处理流：光密度->血氧浓度->叠加平均->血液动力学响应 函数 （HRF），也可以在处理流中添加多个更高级的功能：修剪数据，回归短SD，删除坏段，识别运动伪迹，带通滤波，删除或校正运动伪迹象。 创建处理过程： MATLAB 版本：运行MATLAB，运行“setpaths”函数，然后从命令窗口调用 Homer2_UI。 当界面要求您加载流程选项时点击取消，然后将目录更改为存储.nirs数据的文件夹。 接下来可以通多‘tools->Process Stream GUI’创建处理 …

Homer3 is a open source MATLAB application used for analyzing fNIRS data to obtain estimates and maps of brain activation. It is a continuation of the work on the well-established HOMER2 software which itself evolved since the early 1990s, first as the Photon Migration Imaging Toolbox, then as HOMER.

2024年3月6日 · Here's the error message I receive: Index in position 1 exceeds array bounds. Index must not exceed 1. Error in hmrNirsFileSegment (line 67) t = t_all (round (fsn (P,1)*fs):round (fsn (P,2)*fs),:); Error in EasyNIRS>menuSegmentNIRSFile_Callback (line 2007) hmrNirsFileSegment (); Error in gui_mainfcn (line 95) feval (varargin {:});