2022年6月30日 · We defined the intrinsic epithelial axis of colorectal cancer and propose a refined ‘IMF’ classification with five subtypes, combining intrinsic epithelial subtype (I), microsatellite instability...

2024年2月6日 · The single-cell intrinsic consensus molecular subtype (iCMS) classification of CRC, published in 2022, based on single-cell transcriptomes identified a transcriptomic dichotomy of malignant cells, resulting in two intrinsic subtypes, iCMS2 and iCMS3, that refined the earlier CMS classification.

2024年3月21日 · 结直肠癌(crc)是一种高度异质性的肿瘤群，被分为不同的基因组、表观基因组和最近更受关注的转录组亚型。 24年3月发表在顶级期刊Cancer Discovery （IF29.1；Q1）上的一篇文章讲述了关于单细胞染色质可及性分析揭示…

2022年6月30日，新加坡基因组研究所的研究团队在 Nature Genetics 上发表题为 Single-cell and bulk transcriptome sequencing identifies two epithelial tumor cell states and refines the consensus molecular classification of colorectal cancer 的文章，通过单细胞转录组技术，对63个患者的141个肿瘤样本、39个癌旁样本和9个淋巴结样本数据进行分析，确定了一种结直肠癌分型的新方法，基于内在上皮状态 (I)、微卫星状态 (M) 和是否存在纤维化 (F) 三个层面（“IMF”）细化CRC的分 …

2023年8月9日 · 先前研究基于来自CRC的Bulk转录组确定了四种CMS亚型，其特征分别为免疫浸润、典型WNT和Myc活化、代谢失调、间充质纤维化富集，CMS亚型已在多项研究中重现。 2.单细胞RNA测序（scRNA-seq）以单细胞分辨率表征转录组，从而能够鉴定细胞类型。 本文在单细胞水平上研究支撑CRC分子分类的上皮细胞亚型，整合了来自五个队列63名患者的141个肿瘤样本、39个相邻正常样本和9个淋巴结样本的单细胞转录组，构建了迄今为止最大的CRC 单细胞 数 …

2022年7月7日 · Our study identified a central epithelial backbone of colorectal cancer, iCMS2 and iCMS3, each characterized by distinct copy number genetics, transcriptional profiles and gene-regulatory units.

The single-sample classifier (SSC) estimates the most probable intrinsic consensus molecular subtype (iCMS) of a colorectal cancer sample as described in Joanito et al. (Nat Genet. 2022 Jul;54(7):963-975). The package has been developed to be relatively robust to technical variation, specifically without reliance on batch correction methods.

Colorectal cancers (CRC) are classified into consensus molecular subtypes (CMS) based on gene expression profiles. The revised classification system iCMS was proposed by considering intrinsic epithelial status, microsatellite instability (MSI), and fibrosis.

2023年5月16日 · 结直肠癌（crc）是一种异质性疾病。 2015年，基于来自块状肿瘤的 基因表达谱 ，一个国际联盟确定了四种CMS（CMS1-4）。 其特征分别为免疫浸润，典型WNT和Myc活化，代谢失调和间充质纤维化反应的丰富特征。

2023年10月4日 · 本研究旨在通过使用 icms 检查 crc 和同步腺瘤，为腺瘤-癌序列概念提供分子证据。 使用 CiberSortx 估计上皮 CMS 细胞比例，这是一种计算机细胞分级分离方法，其中包括参考细胞类型中的 CMS 细胞类型。