2018年8月29日 · 评估重复样本间peaks一致性的另一种方法是IDR。IDR是通过比较一对经过排序的regions/peaks 的列表，然后计算反映其重复性的值。 IDR在ENCODE和modENCODE项目中被广泛使用，也是ChIP-seq指南和标准中的一部分。

Unlike the usual scalar measures of reproducibility, the IDR approach creates a curve, which quantitatively assesses when the findings are no longer consistent across replicates. In layman's terms, the IDR method compares a pair of ranked lists of …

Another way to assess concordance of peak calls between replicates is to implement a statistical procedure. A popular method is the IDR framework developed by Qunhua Li and Peter Bickel’s group. It compares a pair of ranked lists of regions/peaks and assigns values that …

2021年12月17日 · IDR是通过比较一对经过排序的regions/peaks 的列表，然后计算反映其重复性的值。 IDR在ENCODE和modENCODE项目中被广泛使用，也是ChIP-seq指南和标准中的一部分。 ENCODE_ATAC_pipeline. IDR不依赖于阈值的选择，所有regions/peaks都被考虑在内。 建议使用IDR时，MACS2 call peaks的步骤参数设置不要过于严格，以便鉴定出更多的peaks。 使用IDR需要先对MACS2的结果文件narrowPeak根据-log10 (p-value)进行排序。 输出文件包括： …

2021年1月6日 · IDR全称是：Irreproducibility Discovery Rate（不可重复率）。 它可以根据多个生物重复的peaks结果提取一致性最高的peak区间。 代码在：https://github.com/nboley/idr. Unlike the usual scalar measures of reproducibility, the IDR approach creates a curve, which quantitatively assesses when the findings are no longer consistent across replicates.

2020年5月7日 · IDR是Irreproducible Discovery Rata的缩写，代表不可重复性率，是一个专门用于从多个生物学重复样本的peak结果中提取高一致性peak区间的软件，源 代码托管 在github上，网址如下. 传统分析中，常常采用斯皮尔曼相关性来衡量生物学重复样本的一致性， 比如RNA_seq, 首选去除低丰度的基因，然后计算相关性。 之所以要去除低丰度，是由于低丰度的定量结果更可能是噪音，而不是真实的信号，通过一个经验阈值来区分噪声和真实的信号。 这种方法依赖阈 …

评价重复样本间peaks一致性的另一种办法是IDR。IDR是经过比较一对经过排序的regions/peaks 的列表，然后核算反映其重复性的值。 IDR在ENCODE和modENCODE项目中被广泛运用，也是ChIP-seq指南和规范中的一部分。 IDR的 长处：

2023年4月27日 · IDR分析 由于IDR分析比较严格，所以要是打算进行IDR分析的话，call peaks时候 设置阈值时候选择p值，且p < 0.01即可

IDR a numerical vector of the expected irreproducible discovery rate for observations that are as irreproducible or more irreproducible than the given observations. Compute the correspondence profiles(Psi and Psi’)and the corresponding smoothed curve using spline

2023年11月23日 · 评估重复样本间peaks一致性的另一种方法是IDR。IDR是通过比较一对经过排序的regions/peaks 的列表，然后计算反映其重复性的值。 IDR在ENCODE和modENCODE项目中被广泛使用，也是ChIP-seq指南和标准中的一部分。 IDR的 优点：