
IGV和Adobe AI制作RIP-seq Peak图简易教程|m6A专题 - 知乎
2016年2月4日 · 做完了RIP-seq、ATAC-seq、m6A-seq等项目,想对基因的某个区域高富集区域绘制peak calling的图,类似于下面展示的几种形式,你会用什么软件呢? 当然这里的AI不是人工智能的意思,而是Adobe Illustrator的简称。
m6A、ATAC等表观文章中的peak可视化图形如何实现? - 知乎
要绘制peak峰图需要用到一款软件—IGV(Integrative Genomics Viewer),这是一款基于java的免费软件,可对基因组各类数据进行整合与可视化,软件官网还贴心地为科研人提供了Windows、MacOs、以及Linux等版本。
IGV——基因组可视化:高阶教程 - CSDN博客
2024年10月4日 · 本部分以 RNA 甲基化测序 m6A_seq 为例展示 IGV 的 motif 结合位点查找功能,已知 m6A 修饰位点的 motif 序列为 RRACH,通过 peak calling 可以识别到包含 m6A 修饰位点的 peak 区域,此时需要预测在 peak 区域中发生了甲基化修饰的 A 碱基,可以通过 IGV 的 motif …
超详细图文版:如何实现m6A测序数据可视化?-云序生物
对m6A RNA甲基化,目前最流行的检测手段为m6A-Seq技术,适用于m6A RNA甲基化谱研究,快速筛选m6A RNA甲基化靶基因。 云序可提供mRNA和多种非编码RNA的m6A测序:
超详细图文版:如何实现m6A测序数据可视化?
m6A或其他修饰MeRIP测序之后经常会需要通过一种“可视化”方法,直观考察以及展示到文章中个别基因或区域的测序原始信号(coverage)和序列比对情况,即展示甲基化峰。
IGV、Tablet、Samtools——比对可视化怎么做? - 知乎专栏
例如遗传病基因组研究中,应用IGV的图形来说明突变的纯合杂合;而m6A等组学的研究中,则使用IGV软件来获得数据的可视化peak(附上教程:高分文章RIP-seq和m6A峰图可视化两种方法-IGV和UCSC | m6A专题)。
ChIP-seq/DAP-seq/ATAC-seq/CUT&Tag结果可视化-IGV使用攻略
2024年3月18日 · IGV(Integrative Genomics Viewer),一款便捷的交互式使用工具,用于基因组数据的可视化,支持Windows/MacOS/Linux多平台使用,同时支持FASTA/GFF/GTF/BAM/BED/TDF/bedGraph/BEDPE/bigBED/bigGenePred/bigNarrowPeak/bigWig……多种格式文件输入。
使用igv手把手教你读懂、理解m6a 、chip-seq等表观数据的peaks …
2024年2月23日 · 使用igv手把手教你读懂、理解m6a 、chip-seq等表观数据的peaks含有,以及制作峰度图 原创
RIP-seq让m6A后期研究威力加倍 | RIP专题 - 搜狐
2020年5月21日 · 陈建军课题组在本文中,先利用生物素Biotin的RNA探针(具有带m6A修饰的GGACU)进行RNA pulldown,鉴定到了一类新型的RNA结合蛋白IGF2BP1/2/3。 接下来还利用 外源性FLAG-IGF2BP的IP手段对HEK293T细胞中的RNA进行鉴定,同时对IGF2BP家族进行敲低后检测了4个主要的基因以达到相互验证的目的。
易基因 | 生物信息学:igvtools 使用操作小技巧 - CSDN博客
2021年8月12日 · 本期,我们讲讲甲基化RNA免疫共沉淀(MeRIP-seq/m6A-seq)实验怎么做,从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和研究套路等四方面详细介绍。 博客 易基因|新品:新型肿瘤标志物检测利器——cfDNA甲基化测序(cfDNA-RBS)