plink --file mydata --r2 --ld-snp rs12345 --ld-window-kb 1000 --ld-window 99999 --ld-window-r2 0 对于多个SNP，要从具有其他SNP的一组SNP中获取所有的LD值，命令为 # mysnps.txt是SNP列表 --ld-snp-list mysnps.txt

For example, to get a list of all values for every SNP within 1Mb of rs12345, use the command. plink --file mydata . --r2 . --ld-snp rs12345 . --ld-window-kb 1000 . --ld-window 99999 . --ld-window-r2 0. The --ld-window and --ld-window-r2 commands effectively means that output will be shown for all other SNPs within 1Mb of rs12345.

2018年6月23日 · plink --file test --r2 --ld-snp snp1 --ld-window-kb 1000 --ld-window 99999 --ld-window-r2 0. 以上两种方法更有优劣，第一种方法会给出D’和R2两个值，第二种方法只会给出R值；第一种方法一次只能分析两个SNP位点间的连锁关系，而第二种方法一次可以分析多个SNP位点 …

2024年10月22日 · PLINK 1.9 includes much faster implementations of PLINK 1.07's LD-based variant pruner and haplotype block estimator, and commands to explicitly report LD statistics. All of the following calculations only consider founders. If your dataset has a shortage of them, --make-founders may come in handy.

2021年12月31日 · 连锁不平衡（LD，linkage disequilibrium） 是指 不同基因座（loci）的等位基因（allele） 之间 非随机（nonrandom） 的关联。 两个基因座 互相独立不相关，即 连锁平衡 linkage equilibrium 的状态。 当D'=1，r2=1时，处于完全连锁不平衡状态。 其中，从0-1之间的度量越高，LD越高，如果两个位点连锁，连锁程度也越高。 https://ldlink.nci.nih.gov/ https://www.cog-genomics.org/plink2/ 原理： 采用EM algorithm、基于haplotype frequencies的 …

2024年8月13日 · 二进制 PLINK 数据由三个文件组成： •样本信息（*.fam）；每一行就是一个样本。 •遗传标记文件（ *.bim）； 每一行是一个变异，及其注释信息。 bed是一个二进制的文件，与fam，bin文件互相对应。 基因型用0,1表示，一般打不开，具体如下. 1. 提取特定SNP的基因型：# snpid.list 只含1列SNPid,无列名称. 2. 提取特定样本： #samplelist.txt 含2列 FID 个体IID,无列名称. samplelist.txt. 3. 基因组某段区域位点： 4. 数据合并： 1. 标记 质控. -missing 输出样本缺失率 …

2024年10月11日 · 今天使用arcgis计算点距离时，由于修改了输出表的路径，导致报错 error 99999：执行函数时错误. 报错 是因为 ArcGIS 中有些表是暂 时 存在默认的路径才可以的，比如在计算点距离 时 输出表需要输出在其默认的路径，要想 使用 ，可以在图层中右键该表，导出数据 ...

2019年8月23日 · 假如位于同一染色体的两个等位基因（AB）同时存在的概率大于人群中因随机分布而同时出现的概率，称这两点处于LD状态。 LD的基本单位是D，但是度量观察到的单倍型频率与平衡状态下期望频率的偏差。 虽然D能够很好的表达LD的基本含义，但是由于其严格依赖于等位基因频率（allele frequency），故不适合应用于表述实际的LD强度。 所以一般在LD的度量中最常见的是D'和r2。 二者各有各的特点和用途，但都是基于D的。 当D'=0，r2=0时，处于完全连锁 …

2024年7月19日 · 而999999则是通达信股票软件为避免与股票000001深发展冲突而设计的替代代码，它并不直接代表官方发布的上证指数，而是软件内部的一个标识。 在2017年11月23日的股市行情中，上证综指出现了较大波动，失守3400点，反映了当时市场的动态。 上证指数的计算方法多样，如上证180指数采用派氏加权综合价格指数，根据调整股本数加权；而上证综合指数则以发行股本数为权重，B股价格根据汇率折算。 总的来说，000001是上证指数的官方代表， …

2025年1月29日 · The default setting is 1000, so if you want to look at all same-chromosome variant-pairs, you need to explicitly disable this default with e.g. "--ld-window-kb 9999999". Or if you want to look at inter-chromosomal variant-pairs as well, use - …