
QM/MM - 维基百科,自由的百科全书 - zh.wikipedia.org
混合 QM/MM (量子力学 / 分子力学)方法是一种分子 模拟 方法,它结合了 从头计算法 (准确性)和 分子力学 (速度)方法的优势,从而可以研究溶液和蛋白质中的化学过程. QM/MM 方法是在 阿里耶·瓦谢尔 和 迈克尔·莱维特 的 1976 年论文中引入的。 [1] 他们与 Martin Karplus 一起因“为复杂化学系统开发多尺度模型”而获得 2013 年 诺贝尔化学奖。 [2] [3] QM/MM 方法的一个重要优势是它们的计算速度。 在通常情况下,进行经典 分子力学 ( MM ) 模拟的计算复杂度为 O ( N 2 ), …
QM/MM - Wikipedia
The hybrid QM/MM (quantum mechanics/molecular mechanics) approach is a molecular simulation method that combines the strengths of ab initio QM calculations (accuracy) and MM (speed) approaches, thus allowing for the study of chemical processes in solution and in proteins.
【QM/MM】ONIOM方法模拟蛋白质复合物教程 - 知乎
QM/MM方法是一种分子模拟中结合量子力学的准确性以及分子力学速度优势的计算方法,因此常用于研究溶液中的化学过程以及蛋白质体系。 QM/MM方法最早由 Warshel 和 Levitt 在1976年发表。 他们和 Martin Karplus 于2013年因为“发展了复杂化学体系的多尺度模型”而获得诺贝尔化学奖。 ONIOM 是“Our own n-layered Integrated molecular Orbital and Molecular mechanics”的简称,是一种实现不同水平的计算方法同时进行的方法,一般应用于比较大的体系,通过对体系划分为 …
QM/MM与QM/MM MD的联系与区别 - 量子化学 (Quantum …
2017年8月1日 · oniom是一种广义的能将不同级别方法描述体系不同区域的计算形式,可以通过oniom来等效实现qm/mm的目的,这确切来说叫做oniom(qm:mm),这和qm/mm的常规实现方式不同。
QMMM 2023:一个用于量子力学与分子力学组合建模和模拟的程 …
QMMM 2023支持 GAMESS-US 、 Gaussian 和 ORCA 作为QM包,以及 Tinker 作为MM包,提供了多种嵌入QM子系统到MM环境中的处理方式,包括 机械嵌入 、 电子嵌入 、可 极化嵌入 和 灵活嵌入 。
QM;QM/MM和QM/MM MD应该选择哪种软件组合? - 量子化 …
2022年4月10日 · 感谢sob老师回复,假如只考虑chemshell,看了很多酶小分子文章QM和MM分别 Turbomole以及DL_POLY (Amber力场),如果是Free软件的话,推荐考虑哪种呢,如果QM是NWCHem,MM如何选择呢?
求助:用QM/MM方法和Oniom(QM:MM)方法时,查阅资料后, …
2022年11月3日 · 1 ONIOM(QM:MM)和QM/MM都可以用,前者一大麻烦之处是你还得给底物分子定义力场参数 2 需要根据提示把缺失的参数在gjf里都补充,让Gaussian读入。这就是我说的ONIOM用起来麻烦之处 3 如果MM区是蛋白质,在Gaussian自带的力场中AMBER是最佳选择。
QM/MM方法存在的优势及其发展?以及连接原子的处理。? - 知乎
研究者报道了一种名为Deep Potential-Range Correction (DPRc) 的新模型,可应用于溶液反应的QM/MM模拟中,有望为生命科学领域的自由能应用带来帮助。 基于分子力学(MM)的分子动力学模拟已在生命科学领域广泛应用,但从头算(ab initio)量子力学(QM)方法的应用仍然受到限制。 基于 ab initio 的QM/MM方法能大幅提升酶催化反应、药物发现或精准医学等领域的计算精度,但受到计算成本的制约。 近年来,DP已成功应用于多种体系,但应用于溶液体系时仍存在 …
使用Gromacs结合CP2K进行QM/MM/MD模拟 - 知乎 - 知乎专栏
qm/mm/md模拟是一种研究体系反应的常用方法,于2013年获得诺奖。 CP2K是最近兴起的第一性原理软件,可负责QM部分;Gromacs是常用的MD软件,且提供了CP2K接口,可负责MM和MD部分。
QM/MM: What have we learned, where are we, and where do we …
This paper briefly reviews the current status of the most popular methods for combined quantum mechanical/molecular mechanical (QM/MM) calculations, including their advantages and disadvantages. There is a special emphasis on very general link atom methods and various ways to treat the charge near the boundary.