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2024年5月22日 · 整理了一些gmx常用命令，比较具有个人色彩，但是是通用的。 可以以此为基础，根据自己的实际需要建立属于自己命令库。 需要自取。 很有用！ 好物！ 感谢分享。 另外借楼我想请教一下,我使用gmx trjconv命令得到的gro文件结合VMD查看我的胶束体系，但是里面的胶束被盒子切开不完整，-pbc mol/-pbc cluster/-pbc nojump这几个命令的区别是什么？ 整理了一些gmx常用命令，比较具有个人色彩，但是是通用的。 可以以此为基础，根据自己的实际需要建立属 …

2022年6月9日 · 核心是利用Linux 系统的cgroup来实现。 或者你可以不用探究底层的逻辑。 给你10个核心20GB内存，程序就只能在指定的一个子集中活动。 不会出现所谓进程来回切换的问题。 而这一切，都是slurm自动处理，无需人为干预。 你可以自己配置slurm，或者使用我提供的辅助工具。 其他方案就不必试了，这种最快。 如果对单任务速度有极致需求，最好加个NVLink，再用2块GPU跑1个任务。 当前CPU太弱，若无NVLink，用2块GPU跑1个任务速度反而低于用1 …

2020年7月16日 · 通过 gmx energy 命令提取模拟过程中随时间变化的体系参数数据，然后利用此命令给出的各参数平均值等数据，以及根据数据绘制得到的参数随时间变化的折线图，即可以 …

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This tool aims at evaluating performance of the GROMACS molecular simulation engine (www.gromacs.org). In the short term, this is mostly thought to be a help for code …

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gmx trjconv 是 GROMACS 中用于处理和转换轨迹文件的一个重要工具。 它可以对模拟过程中的轨迹数据进行各种操作，如中心化、平滑、去除周期性边界效应、提取子集等。

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