在做MR研究时，我们有一步非常重要，那就是去除存在 连锁不平衡 的IV。 连锁不平衡主要是使用两个参数 r2 和 kb 来衡量： （1）r2：它是0~1之间的数据， r2=1表示两个 SNP 间是完全的连锁不平衡关系，r2=0则表示两个SNP间是完全连锁平衡的，也即这两个SNP的分配是完全随机的。 （2）kb：它其实就是指考虑连锁不平衡的区域长度。 在遗传学上我们认为在染色体上距离很近的遗传位点通常是“捆绑”在一起遗传给后代的，这也就导致距离很近的位点之间的r2会很大。 …

2024年4月15日 · MR 中最重要的是看 Inverse variance weighted 这个方法的 p 值。 MR 分析默认使用上述五种方法，我们也可以指定其他方法，使用mr_method_list()即可查看当前支持的统计方法，就像下面这样：

2024年12月3日 · 连锁不平衡（Linkage Disequilibrium，LD）是指在基因组中，两个或多个SNP（单核苷酸多态性）位点在一个群体中的等位基因分布不符合期望的独立分布。也就是说，某些等位基因倾向于一起遗传，而不是独立分配。

MR_pruning_LD. 数值，MR分析去除连锁不平衡的LD阈值（r2），应在0和1之间（如果为0，则使用基于距离的修剪），默认为0.001。 MR_reverse. 数值，用于排除与结局关联更强的MR分析的工具变量的p值，默认为1e-3。 bfile_1000G. 1000G文件的参考面板文件的路径。 save_logfiles

2024年4月25日 · 资源摘要信息:"MRlap是R语言的一个程序包，专注于执行孟德尔随机化（Mendelian Randomization，简称MR）分析。 孟德尔 随机化 是一种流行病学工具，用于估计暴露因素对结果变量的因果效应，尤其在遗传流行病学和基因组...

MRlap is an R-package to perform two-sample Mendelian Randomisation (MR) analyses using (potentially) overlapping samples, relying only on GWAS summary statistics. MR estimates can be subject to different types of biases due to the overlap between the exposure and outcome samples, the use of weak instruments and winner’s curse.

无论是在进行全基因组关联研究（GWAS）还是孟德尔随机化研究（MR）中，我们都需要考虑SNP间的连锁不平衡（LD）信息，这里小陈给大家简单介绍一下用于LD分析的工具----- LDlink（https://ldlink.nci.nih.gov/?tab=h…

2024年10月11日 · MRlap是一个R程序包，仅使用GWAS摘要统计信息即可使用（可能）重叠的样本执行两样本孟德尔随机化（MR）分析。 由于暴露和结果样本之间的重叠，使用较弱的工具和获胜者的诅咒，因此MR估算可能会受到 不 同类型的偏见。

2021年12月31日 · 连锁不平衡（LD，linkage disequilibrium）是指 不同基因座（loci）的等位基因（allele）之间非随机（nonrandom）的关联。 两个基因座 互相独立不相关 ，即 连锁平衡 linkage equilibrium 的状态。

2022年8月21日 · 在做MR研究时，我们有一步非常重要，那就是去除存在连锁不平衡的IV。 连锁不平衡主要是使用两个参数r2和kb来衡量： （1）r2：它是0~1之间的数据， r2=1表示两个SNP间是完全的连锁不平衡关系，r2=0则表示两个SNP间是完全连锁平衡的，也即这两个SNP的分配是完全随机的。 （2）kb：它其实就是指考虑连锁不平衡的区域长度。 在遗传学上我们认为在染色体上距离很近的遗传位点通常是“捆绑”在一起遗传给后代的，这也就导致距离很近的位点之间的r2 …