N50 & NG50. Size cutoff: 500bp. N50: 1.1 Mb. Contigs equal or larger than this represent 50% of the total assembly size; (L50: 2) NG50: Similar to N50, but based on estimated genome size; Contigs smaller than cutoff size are not reported. Final assembly. Discarded contigs

2019年10月23日 · N50，L50和NG50是评价genome assembly的quality的标准，评价长度时使用N50，N50是一个contig的长度。 不选用genome size的50% 是因为1.这是估计的size值不一定准；2.sequence 仅覆盖80%。 评价数量使用L50，L50数量越小越好。 NG50表达测到genome 覆盖度。 取材方法很重要，得到目标数据。 Assembly 算法有可能带来更多误差，通常二代测序和三代测序相结合。 贪心算法原理是每一步都在找最优解，最后得到最好的结果，优点是快，缺点 …

In computational biology, N50 and L50 are statistics of a set of contig or scaffold lengths. The N50 is similar to a mean or median of lengths, but has greater weight given to the longer contigs. It is used widely in genome assembly, especially in reference …

2017年9月18日 · n50、n90 举个例子，比如一个基因组大小是1M，测序得到若干条reads，这些reads进行拼接，如果完全可以拼接起来，中间没有gap的序列称为contig，即连续的意思。如果中间有gap,但是可以知道gap的长度，这样的序列就叫做scaffold, 即脚手架（非连续）的意思。

2023年6月16日 · n50、n90是评估基因组组装质量的指标。 例如，一个1M基因组经测序拼接后，按长度从大到小排序，当累积长度达到总长度50%时，对应的那个contig或scaffold的长度即为Contig N50或Scaffold N50，数值越大表示组装质量越好。

在计算生物学中，N50和L50是Contigs(重叠群)或脚手架长度的统计值。N50的计算方式类似于平均值或中位数，但是对长Contigs的权重更大。这种方法广泛运用于序列组装中，特别是在参考组装草稿内的Contigs长度中。这种度量常被用来描述基因组装配(有时还有其他装配 ...

N50值是指在所有contigs中，长度至少为所有contigs长度总和一半的最短contig的长度。 一个较高的N50值意味着少数较长的contigs就能覆盖基因组的大部分，这通常表明组装的连续性更好，碎片更少。

2019年10月27日 · N50和NG50 假设一个基因组的大小为10，但是这个值只有神知道，你得到的信息就是组装后有3个contig,长度分别为"3,4,1,1"，所以组装总长度为9。 为了计算N50，我们需要先把contig从大到小排列，也就是"4,3,1"。

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2024年1月3日 · N50指标指的是长度大于或等于该值的contigs能覆盖基因组总长度一半（50%）的点。 具体来说，如果你将所有的contigs按长度从大到小排列，累积到一定长度，这个长度刚好可以覆盖基因组一半的那个contig的长度，就是N50。