NMDS是一种将多维空间的研究对象（样本或变量）简化到低维空间进行定位、分析和归类，同时又保留对象间原始关系的数据分析方法。 目前网络上关于NMDS分析的介绍和论述已经很多了，本公众号就不再赘述了。 本节的关注点是绘制漂亮的NMDS散点图。 1、哪些数据适宜NMDS分析？ 也许大家已经发现NMDS分析大多情况下是用来展示物种数据的一种分析方法，为什么呢？ 这是因为当前流行使用的物种数据大多数为OTU或ASV测序数据，这类数据包含丰富的0值。 NMDS …

2023年3月9日 · nmds算法不使用奇异值-奇异向量等因子分解技术，同时nmds1、nmds2也不一定是能解释最大差异的轴（不过后面分析时会使得第一轴解释的差异最大，以便更好可视化）。所以nmds的轴可以按需转换。

2021年10月9日 · 非度量多维排列 (NMDS)是基于相异矩阵或距离矩阵进行排序分析的间接梯度分析方法。 NMDS 的目标与 PCA 或 PCoA 类似 (一文读懂PCA分析 （原理、算法、解释和可视化） 一文学会PCA/PCoA相关统计检验 (PERMANOVA)和可视化. 与 MDS 不同的是， NMDS 分析将原始的距离矩阵转换为秩矩阵 (rank metric)再进行降维分析。 NMDS 弱化距离矩阵中具体值的大小，更关注其排序关系。 假如样品 A 和样品 B 之间的距离是 5，样品 A 和样品 C 之间的距离是 …

NMDS使用相异矩阵，沿预定数量的轴表示观测数据，同时保留观测间的排序关系。 vegan::decostand ()提供了一系列群落生态学的数据标准化方法。 选择"standardize",可使变量 …

2020年9月17日 · geom_point(data = sample_site, aes(NMDS1, NMDS2,color = site , shape = depth), size = 5, alpha = 0.8) + #可在这里修改点的透明度、大小. #scale_shape_manual(values = c(17, 16)) + #可在这里修改点的形状. #scale_color_manual(values = c('red', 'blue')) + #可在这里修改点的颜色. geom_ord_ellipse(aes(sample_site$NMDS1,sample_site$NMDS2,group= sample_site$site2), ##添加0.8置信椭圆.

2023年10月25日 · 首先，让我们明确一点：ANOSIM (Analysis of Similarities) 和 NMDS (Non-metric Multidimensional Scaling) 是两种独立的统计技术，但它们经常在生态学研究中结合使用。 NMDS 用于对多维数据进行可视化，而 ANOSIM 用于测试组间差异的显著性。 在使用 NMDS 进行生态学数据的可视化后，研究者通常对图中的模式感兴趣，特别是当数据来自不同的组或处理时。 这就是 ANOSIM 派上用场的地方。 在 NMDS 与 ANOSIM 的上下文中： 它是一个非参数 …

2021年2月26日 · 非度量多维尺度分析（Non-metric multidimensional scaling,NMDS）是一种将多维空间的研究对象简化到低维空间进行定位，分析和归类，同时又保留对象间原始关系的 数据分析 方法。 一般用组间样本的秩次（数据排名rank order）上的差异来定义距离。 NMDS图形常用作微生物群落研究的β分析。 NMDS侧重反映距离矩阵中数值的排序关系，弱化数值的绝对差异程度。 在多样本、物种数量多的情况下（相对于数值间的差异，可进行排序的数量更大），NMDS …

2018年12月22日 · 非度量多维尺度分析（nonmetric multidimensional scaling, NMDS），是一种简介的梯度分析方法，也是基于距离或者相异性矩阵。 与其它主要用于最大化变异和一致性的方法不一样，NMDS是一种排序方法。 这对于距离缺失的数据有优势，只要先办法确定对象之间的位置关系，便可以进行NMDS分析。 NMDS的计算过程会以代码的形式贴在下方，供大家参考. NMDS与PCoA一样，NMDS可以基于任何类型距离、相异性矩阵对象（样方）进行排序。 当然也可以 …

非度量多维尺度法 是一种将多维空间的研究对象（样本或变量）简化到低维空间进行定位、分析和归类，同时又保留对象间原始关系的数据分析方法。 适用于无法获得研究对象间精确的相似性或相异性数据，仅能得到他们之间等级关系数据的情形。 其基本特征是将对象间的相似性或相异性数据看成点间距离的单调函数，在保持原始数据次序关系的基础上，用新的相同次序的数据列替换原始数据进行度量型多维尺度分析。 换句话说，当资料不适合直接进行变量型多维尺度分析时， …

2022年11月21日 · 非度量多维尺度分析 (Non-metric multidimensional scaling, NMDS)，是基于相异矩阵或距离矩阵进行 排序分析 的间接梯度分析方法，在微生物组研究中可以用来展示群落beta多样性。 本期我们挑选2022年2月24日刊登在iMeta上的Linking soil fungi to bacterial community assembly in arid ecosystems - iMeta：西农韦革宏团队焦硕等-土壤真菌驱动细菌群落的构建，选择文章的Figure 6C进行复现，基于vegan包，讲解和探讨和NMDS分析和可视化的 …