RCSB Protein Data Bank (RCSB PDB) enables breakthroughs in science and education by providing access and tools for exploration, visualization, and analysis of: These data can be explored in context of external annotations providing a structural view of biology. 3D visualization for PDB structures and ligand binding sites.

2015年6月5日 · PDB(Protein Data Bank)是一种标准文件格式, 其中包含原子的坐标等信息, 提交给 Protein Data Bank at the Research Collaboratory for Structural Bioinformatics (RCSB) 的结构都使用这种标准格式.

ORIGXn(n=1,2,or3)：直角-PDB坐标——直角坐标与提交的坐标之间的转换. SCALEn(n=1,2,or3): 直角-晶体分数坐标(n=1, 2, 3, NMR除外). 说明数据中直角坐标向晶体分数坐标的变换因子. 七、坐标部分

2021年5月25日 · 蛋白质数据库Protein Data Bank(PDB)是一个包含蛋白质、核酸等生物大分子的结构数据的数据库，网址是http://www.rcsb.org。PDB可以经由网络免费访问，是结构生物学研究中的重要资源。

2023年3月31日 · 在pdb文件中，atom模块是记录蛋白质分子中原子坐标信息的模块，每一行代表一个原子的坐标信息。 如下图所示是pdb文件的部分内容： 第一列：记录原子的标识号；第二列：原子序号；第三列：原子名称；第四列：残基名称；第五列：链ID；第六列：残基序号 ...

PDB文件格式（PDB为蛋白质数据库英语名称“Protein Data Bank”缩写），顾名思义是一种由蛋白质数据库最先采纳，用于储存蛋白质三维结构的文件格式。 这种文件格式详细记录了 蛋白质中每个 原子 的坐标信息、 蛋白质二级结构 信息，以及原子之间的相互作用等 ...

PDB文件就是用来记录蛋白质结构信息的文件。PDB文件的格式在下面网页可以查看： http://www. wwpdb.org/documentation /file-format-content/format33/v3.3.html. 本次推送的附件中也放上了PDB文件3.3版的PDF版说明。

2022年11月16日 · 各位老师好，我在使用pdb2gmx产生拓扑文件时报错，说在rtp文件残基中找不到.pdb文件中的原子。 我修改原子名称（将.pdb文件中HB3改为HB1）后可以正常产生拓扑文件，但是怎么 ...,计算化学公社

2024年3月23日 · OGG 是一种基于日志的结构化数据复制 软件，它通过解析源 数据库 在线日志或归档日志获得数据的增删改变化。 一， Oracle 服务器上的准备工作。 cd .. (DESCRIPTION = (ADDRESS _LIST = (ADDRESS = (PROTOCOL = TCP)(HOST = 192.168.80.100)(PORT = 1521)) (CONNECT_ DATA = (SERVER = DEDICATED) (SERVICE_NAME = pdb) 15. add trandata test _ogg. capture tabledef test _ogg. table PDB. test _ogg. *; 19.

蛋白質資料庫（Protein Data Bank，简称PDB）是一個專門收錄蛋白質及核酸的三維結構資料的数据庫。由Worldwide Protein Data Bank监管。PDB可以经由网络免费访问，是结构生物学研究中的重要资源。