2024年3月8日 · Profile hidden Markov models (profile HMMs) 是一种用于序列分析的 统计模型，通常用于对生物学序列进行建模和比较，如蛋白质序列或DNA序列。 它们是隐马尔可夫模型（HMM）的一种扩展，结合了多序列比对（multiple sequence alignment）和隐马尔可夫模型的思想。 Profile HMMs的原理包括以下几个关键点： 1. 多序列比对 （multiple sequence alignment）： Profile HMMs通过对多个相关序列进行比对，提取序列间的共同模式和保守特征 …

Pfam 分 A 和 B 两个数据库，其中 A 数据库是经过手工校正的高质量数据库， B 数据库虽然质量低些，依然可以用来寻找蛋白质家族的保守位点。 Pfam 最新 v27.0 版本的数据库中， A 数据库包含 14,836 个蛋白质家族编号（以 PF 开头）； B 数据库包含 20,000 个蛋白质家族编号 （以 PB 开头）。 out.tbl 文件则是表格形式的结果，是一般需要的结果。 hmmscan 命令的常用参数： 显示帮助信息. 将结果输出到指定的文件中。 默认是输出到标准输出。 将蛋白质家族的结果以表格形 …

HMMER is used for searching sequence databases for sequence homologs, and for making sequence alignments. It implements methods using probabilistic models called profile hidden Markov models (profile HMMs). HMMER is often used together with a profile database, such as Pfam or many of the databases that participate in Interpro.

HMMER是一种常用的序列比对工具，它是基于 隐马尔可夫模型 （Hidden Markov Model，HMM）的算法。 HMMER可以用于比对不同类型的生物序列，包括蛋白质序列和核酸序列。 它可以根据不同的生物信息学问题进行定制，从而适应各种分析需求。 与此同时，HMMER可以利用隐马尔可夫模型进行比对，能够更好地处理复杂的序列间关系，提供较为准确的匹配结果。 它能够发现较为相似的序列片段，捕获更多的生物信息。 当然，HMMER不仅可以进行序列比 …

2023年4月15日 · 在筛选同源蛋白序列的时候，以前都是使用BLAST进行比对，这次看到很多教程都是使用HMMER进行寻找，那么也就顺便来学习一下吧。 HMMER使用并不是很难，原理与Blast一致，其实对于初学来说，难的主要是建立.hmm 这一步。 安装，主要是使用源码安装或是是使用 conda 进行安装即可。 官网： hmmer.org/ 任意下载一个版本即可，安装步骤不再做说明。 在有些数据库中是有.hmm 文件，只需要下载即可。 但是，这仅仅只限于有些大数据库。 对 …

2020年12月20日 · 本文介绍了如何使用 HMMER 工具进行 Pfam 数据库的蛋白质家族注释，包括 HMMER 和 Pfam 的下载安装、数据库处理以及 hmmscan 命令的使用，重点讲述了如何通过 hmmscan 执行注释并解析输出结果。

The PB Swiss Tools mallets are extremely robust and are unique in their construction: They are available with and without rebound. The wooden handles consist of FSC-certified hickory wood or of first-class fiber glass material. Their dimensions …

HMM（Hidden Markov Model, 隐马尔科夫模型），是一种序列特征谱（Profile），其搜索是基于蛋白质 多序列比对 结果中的保守序列区域进行检索，并考虑了不同保守度的氨基酸在相应位置的权重，可以更为敏感的检测到进化距离较远的蛋白质相关性，得到更为灵敏的比对结果。 HMMER 即是基于此方法开发的软件。 HMMER可以作为命令行工具，进行本地下载和安装，现在也可以通过EBI的服务器在线访问。 具体用法如下：首先从 Pfam 下载某基因家族特有的HMM，然后使 …

2024年10月10日 · HMMER是一款用于生物序列数据库中搜索同源序列的开源工具。 它利用“profile hidden Markov models”（Profile HMMs）技术，能够高效地处理单序列或多序列比对查询。 HMMER被广泛应用于蛋白质家族域数据库和大规模注释流程中，包括许多 InterPro Consortium 的成员。 HMMER的核心技术是Profile HMMs，这是一种强大的序列比对和建模工具。 Profile HMMs能够捕捉到序列家族的特征模式，从而在数据库中高效地识别出同源序列。 HMMER的 …