Seurat - Guided Clustering Tutorial - Satija Lab
2023年10月31日 · For this tutorial, we will be analyzing the a dataset of Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC) freely available from 10X Genomics. There are 2,700 single cells …
单细胞分析seurat包学习笔记1 - 简书
2019年8月6日 · 在本教程中，我们将分析10X Genomics免费提供的外周血单核细胞（PBMC）数据集。 在Illumina NextSeq 500上对2,700个单细胞进行了测序。 原始数据可以在 这里 找到。 …
单细胞测序分析: Seurat 使用教程 - 简书
2020年4月17日 · Peripheral Blood Mononuclear Cells (PBMC) 是 10X Genomics dataset page 提供的一个数据，包含2700个单细胞，出自Illumina NextSeq 500平台。 PBMCs是来自健康供 …
【单细胞测序数据分析-1】认识Seurat对象数据结构/数据格式及操 …
pbmc[[]]，中括号取的是上面结构图中的二级数据名称. 以上两种方法的区别是？ 如果取的一级结构Assays的下属内容： 无差别 > class(pbmc[['RNA']]) [1] "Assay" attr(,"package") [1] "Seurat" > …
单细胞测序分析（五）R包Seurat三种算法对数据聚类降维 – 云生信
2024年1月25日 · UMAP 是McInnes等人2019年发明的一项新的数据降维技术。 与t-SNE相比，它具有许多优势，最显着的是提高了速度并更好地保存了数据的全局结构。 感兴趣的小伙伴可 …
Seurat DimPlot 终极美化教程：从基础到高级，打造高颜值单细胞 …
2 天之前 · 数据分析中， UMAP / tSNE 图（DimPlot）是展示细胞聚类和注释结果的核心可视化工具。 然而，默认的 DimPlot图形往往颜色单调、排版简单，直接用于文章或报告显得不够专业 …
单细胞Seurat - 降维与细胞标记(4) - 知乎 - 知乎专栏
2024年3月2日 · 我们鼓励用户利用 umap 等技术进行可视化，但避免仅根据可视化技术得出生物学结论。 pbmc <- RunUMAP(pbmc, dims = 1:10) # note that you can set `label = TRUE` or …
一文掌握seurat的umap新姿势，定制你的UMAP图 - CSDN博客
2023年12月1日 · UMap是个简单的电子地图显示软件，目前的功能很有限，只实现了缩放、拖动、简单的图层管理功能等。UMap基于ogr和proj库开发，理论上可以支持n多种地图格式，在当 …
单细胞分析-seurat包_如何存储runumap的分析结果-CSDN博客
2020年8月24日 · pbmc <- CreateSeuratObject(counts = pbmc.data, project = "pbmc3k", min.cells = 3, min.features = 200) #数据导入，筛选，将一个基因必须在三个细胞内表达，一个细胞必须 …
Multimodal reference mapping • Seurat - Satija Lab
2023年3月27日 · A Multimodal PBMC Reference Dataset. We load the reference (download here) from our recent paper, and visualize the pre-computed UMAP. This reference is stored as an …