2015年4月7日 · The Worldwide PDB (wwPDB) organization manages the PDB archive and ensures that the PDB is freely and publicly available to the global community. 总结了一下下载PDB全库或者批量下载指定的PDB结构的几种方法。 1.通过batch_download脚本下载指定PDB

在对PDB（.pdb）文件进行操作时，有时仅需要保留蛋白链、核酸链、配体、或者水。 除了直接在文本文档格式下或者coot中对PDB文件中其他信息进行删除，还可以通过命令行的形式来提取，这种方法简便且不改变原PDB文件，避免出现误操作的情况。

2021年3月22日 · 问题不清楚：我理解你的问题是 1）我想知道一个 蛋白质 的 空间结构，想查查pdb，但是不知道编号。 这个好办，不需要知道 pdb编号。直接查蛋白质的名字，其他通用的ID就行了。一个蛋白质，视重要程度和实验难度，可能有从几个到上千又或者根本没有结构信息，所以蛋白质和pdb是一对多的关系 ...

2020年2月22日 · PDB门口的显示屏，摄于2019年 从左上角的世界地图可以看出，网站的访客遍布全世界。 右侧罗列了访问最多的十个的美国城市（第一名是纽约）和访问最多的十个非美国城市（第一名是佛山）。 下方的EMD-9987，则是该网站最近发布的结构。

现在我们从 Worldwide Protein Data Bank 上下载一个pdb文件，就拿小编的研究对象 转酮醇酶 （transketolase）作为例子吧，名字为1QGD.pdb。 加载文件有二种方法：在External GUI中选择File － Open，或者使用命令行： load 。 当然也可以直接双击PDB文件打开。

3） 下载结构 确认蛋白质为所需结构，点击右上方的“Dowload Files”下载PDB格式的文件。

2020年4月22日 · 将蛋白质pdb与 适配体pdb 对接时会出现报错，提示蛋白质pdb有问题，我是在RCSB网站下载的蛋白pdb，是需要进行什么处理，才能在用于对接的时候不报错吗？

目前在医药数据领域是以药融云、insight、医药魔方、米内、药渡等医药数据库为代表。 其中米内隶属于广州标点医药信息有限公司，于2010年正式上线；而上海医工院PDB隶属于上海数图健康医药科技有限公司，于2011年上线；这两个数据库都有各自的优缺点。

某些pdb文件中包含多个MODEL/ENDMDL标签，这些标签之间都存放了原子坐标，那么这些MODEL相互间区别是什么呢？ 最近刚接触生物信息领域，望前…

如何从 alphafold2 蛋白质数据库下载 pdb。AlphaFold 是由谷歌的 DeepMind 开发的人工智能程序，用于预测蛋白质结构。 网址：https ...