2005年4月19日 · This data set includes a unique set of amphimorphic sequence, those that crystallize in two different conformations and serve to bridge the three structural phases. We have thus constructed a map of DNA structures that can be walked through in single nucleotide steps.

As revealed in hundreds of structures in the PDB, this extragenetic information is used by proteins to read the genetic code in DNA without unwinding the double helix. It is also targeted by a number of toxins and drugs that attack DNA. Three conformations of the DNA double helix: A (left), B (center), and left-handed Z (right).

RCSB Protein Data Bank (RCSB PDB) enables breakthroughs in science and education by providing access and tools for exploration, visualization, and analysis of: These data can be explored in context of external annotations providing a structural view of biology. 3D visualization for PDB structures and ligand binding sites.

Structure of a B-DNA dodecamer: conformation and dynamics. The crystal structure of the synthetic DNA dodecamer d (CpGpCpGpApApTpTpCpGpCpG) has been refined to a residual error of R = 17.8% at 1.9-A resolution (two-sigma data). The molecule forms slightly more than one complete turn of right-handed double-stranded B helix.

What is DNA? DNA is perfect for the storage and readout of genetic information. This information is stored in the sequence of Adenine, Thymine, Guanine, and Cytosine - also called A, T, G, and C. Each helix has a backbone made of alternating deoxyribose and phosphate groups.

2024年10月20日 · 蛋白质 数据库 （Protein Data Bank, PDB）文件是生物大分子结构研究中的核心工具之一。 PDB 文件格式广泛用于存储蛋白质、核酸及其相关配体的三维结构信息，这些结构通过 X 射线晶体学、核磁共振（NMR）等实验方法解析并记录。 研究人员可以通过这些文件，获取详细的原子坐标、化学组成以及生物大分子与配体之间的相互作用信息。 PDB 文件格式不仅在蛋白质结构研究中至关重要，还在药物设计、分子对接和大分子相互作用研究中得到了广泛应 …

The Nucleotide database is a collection of sequences from several sources, including GenBank, RefSeq, TPA and PDB. Genome, gene and transcript sequence data provide the foundation for biomedical research and discovery.

2024年11月2日 · 蛋白质数据库核酸部分（Protein Data Bank of Nucleic Acids, PDB-NA）是生物信息学领域中一个重要的资源，专注于存储和提供核酸分子的三维结构数据。 该数据集由国际蛋白质数据库（Protein Data Bank, PDB）维护，自1971年创建以来，已成为研究核酸结构与功能的核 …

可以使用下面方法简单的生成其螺旋结构的PDB文件。 1、打开下面链接. 2、在对话框中输入其序列，之后选择DNA的螺旋：A-DNA为右手螺旋，B-DNA右手螺旋，MD DNA是使用分子动力学优化的结构。 然后选择Submit Sequence 。 3、点击下图地方下载文件。 会生成自动碱基配对之后的DNA结构。 若只想要一条链，直接打开pdb文件，手动删除多余链即可。 4、若不知道具体序列，只想要一个随意的DNA的pdb结构，那么可以使用下面网页随机建立指定长度的DNA序列。 …

2022年12月29日 · PDB是目前最主要的收集生物大分子 (蛋白质、核酸和糖)2.5维（以二维的形式表示三维的数据）结构的数据库，是通过X射线单晶衍射、核磁共振、电子衍射等实验手段确定的蛋白质、多糖、核酸、病毒等生物大分子的三维结构数据库。 第一步：搜索蛋白质. 第二步：根据左边的条件缩小范围，特别关注三个（红色框标出来的） ①使用何种的实验方法得到的蛋白结构：X-射线衍射法（X-ray Crystallography）目前仍然是获取蛋白质三级结构的主要方法；另一个 …