The coloc package can be used to perform genetic colocalisation analysis of two potentially related phenotypes, to ask whether they share common genetic causal variant (s) in a given region.

Performs the colocalisation tests described in Giambartolomei et al (2013) < doi:10.1371/journal.pgen.1004383 >, Wallace (2020) < doi:10.1371/journal.pgen.1008720 >, Wallace (2021) < doi:10.1371/journal.pgen.1009440 >. Please use the canonical form https://CRAN.R-project.org/package=coloc to link to this page.

paper里共定位的结果太草率了，之前是用hyprcoloc跑的，所以这次用coloc再做一遍，一是为了验证一下结果，二是为了出几张漂亮的图。 coloc的官方手册在这里 https://cran.r-project.org/web/packages/coloc/coloc.…

coloc functions need to be able to link summary stats from two different datasets and they do this through snp identifiers. This function takes the output of susie_rss() and adds snp identifiers. It is entirely the user’s responsibility to ensure snp identifiers are in the correct order, coloc cannot make any sanity checks.

coloc 采用了 SuSiE 框架在存在多个因果变量的情况下进行精细映射。 该框架要求已知 LD 矩阵，因此首先检查我们的数据集是否包含正确格式的 LD 矩阵。 如果没有问题，=check_dataset= 应该返回 NULL，或者如果有则打印信息性错误消息。 重点来了. SuSiE 可能需要一段时间才能在较大的数据集上运行，因此最好使用 =runsusie= 函数对每个数据集运行一次，存储结果并将其提供给后续分析。 =runsusie= 只是 susieR 包中 =susie_rss= 函数的一个包装器，它可以自动运行 …

2023年10月3日 · Performs the colocalisation tests described in Giambartolomei et al (2013) <doi:10.1371/journal.pgen.1004383>, Wallace (2020) <doi:10.1371/journal.pgen.1008720>, Wallace (2021) <doi:10.1371/journal.pgen.1009440>.

Learn R Programming coloc Most of the questions I get relate to misunderstanding the assumptions behind coloc (dense genotypes across a single genomic region) and/or the data structures used.

讲完共定位分析的相关概念，接下来我们以“GWAS和eQTL共定位”为例讲一下如何使用coloc进行共定位分析。 install.packages("remotes") install.packages("dplyr") 测试数据请在“bio生物信息”回复"coloc"； 或者用自己的数据分析（如果有的话）； GWAS数据包括：rs编号 rs_id，P值 pval_nominal 等： eQTL数据包括：rs编号 rs_id，基因 gene_id，次等位基因频率 maf 、P值 pval_nominal 等： 通常情况下，很多文献认为 PPA > 0.95的位点是共定位位点，也有一些文献 …

As a Bayesian method, coloc.abf () requires the user to specify prior probabilities of SNP causality and colocalisation. Post-hoc sensitivity analysis can be used to assess whether results are robust across a range of plausible priors. See vignette: sensitivity. The single variant assumption can be relaxed through conditioning.

2022年8月21日 · 接下来介绍一下这个分析的主要工具，一个叫做coloc的R包，目前国内应该还没有这个包的任何推文。其实这个包很早就写出来，但是那时候WGCNA,eQTL以及MR国内国外都不火，所以也就石沉大海了。