其中 fetch_databases.sh 可以提供一个目录参数，用于存放下载的数据库，下面示例中使用 /share/data/alphafold3 路径来存放数据库。 等待数据库文件下载完成即可。 下载完成的数据库文件如下： 用户使用前需要通过 该链接 填写谷歌的在线表单，获取授权的模型参数文件下载链接。 将模型文件下载到该路径中： /share/data/alphafold3_model_params. docker build -t alphafold3 -f docker/Dockerfile . 如果在构建过程无法从 docker.io 中下载镜像的话，可以先提前拉取需要用 …

打包分析管道，使其在您的笔记本电脑、云端和 高性能计算 (HPC) 环境中运行，以产生相同的结果。 发表论文并包含指向包含您使用的所有数据和软件的容器的链接，以便其他人可以轻松重现您的结果。 通过几次击键即可安装并运行需要复杂依赖关系堆栈的应用程序。 创建管道或复杂的工作流程，其中每个单独的程序都应在不同的操作系统上运行。 想必很多同学遇到过这样的场景. 在本地电脑上调试好的分析软件，即使是同样的安装手册，在实验室/超算中心的电脑上，死活 …

2024年9月27日 · 我们使用比较多的应该就是 SINGULARITY_ENVIRONMENT 和 SINGULARITY_BIND 分别用于设置环境变量和bind 路径. 设置/修改镜像中的环境变量，有如下几种方式。 def文件可以从一个现有的sif文件中构建镜像，可以在构建的过程中直接设置好环境变量。 示例： export LC_ALL=zh_CN.UTF-8 #C 这里可以兼容上特殊字符. export PATH=/miniconda3/bin:$PATH. 此外，如果你想要在构建过程中根据条件设置环境变量，你可 …

2019年7月31日 · 可以通过 shell, exec, run 命令来连到容器中运行命令. 使用 shell 命令连入容器. 使用 exec 执行命令. 在 Singularity 中也可以在 shell, run, instance.start 等命令中通过 “-B” 选项来实现 Docker 中 “-v” 选项提供挂载卷的功能，比如： 文章浏览阅读1.3w次，点赞10次，收藏23次。 下载已存在镜像和Docker类似，要运行 Singularity 也需要先获取镜像，Singularity 可以从Singularity Hub 或者 Docker Hub 来获取已存在的镜像。

2023年12月16日 · [majieyu@mgt02 ref]$ singularity exec /public/home/majieyu/perl5/gwas-sif/reseq.sif sh $scriptdir/index.sh elepant_grass_genome.fa elepant_grass_genomenew.gff INFO: Converting SIF file to temporar...

2024年5月17日 · 可以使用Singularity的singularity build命令来将.sif文件转换成可修改的目录或Sandbox。 进入到沙盒中，按需修改代码及文件。 vi script.sh. 可以通过shell进入沙盒进行测试，和进入sif是一样的. 将修改后的沙盒打包为新的sif，还有删掉临时文件. rm -rf /path/to/sandbox. © 2025 pzweuj. All rights reserved. 我想修改singularity的镜像sif文件中的一个脚本，然后形成新的镜像sif。 问了下GPT，可以使用下面的操作。

例如，如果有一个名为 development/的 sandbox 容器，可以用以下命令转换为名为 production.SIF 的 sif 容器： singularity build production.sif development/ 将 sandbox 容器目录转换为 SIF 格式时，如果在转换之前对可写 sandbox 容器进行了更改，而 singularity 定义文件 中没有这些更改的 ...

2021年9月4日 · 把sif解压到$HOME(解压速度还是很快的)，命名为centos7.6，就可以直接编辑这个目录。 把CP2K的环境变量写进${HOME}/centos7.6/cbin/cp2k.sh。 在PBS脚本里先

我已经创建了一个包含最新的Anaconda版本的Singularity镜像（jupyter.sif），我想使用它来运行Jupyter笔记本。 我希望运行类似于以下命令： singularity exec \ --bind /path/outside/image/:/path/inside/image/ \ jupyter.sif jupyter notebook \ --notebook-dir=/path/to/dir --no-browser --ip=127.0.0.1

A sif file is a bash script file; by using .sif you are saying it is a particular type of shell file following some basic conventions. A sif file should be perfectly usable by simply sourcing it directly.