DSSP（Dictionary of Secondary Structure of Protein）是用于对蛋白质结构中的氨基酸残基进行二级结构构像分类的标准化算法，由Wolfgang Kabsch和Chris Sander设计。 它的算法建立在经 …

test.xpm文件就是蛋白质二级结构图了，test_sc.xvg则是蛋白质二级结构百分比含量随时间变化的数据文件。 得到的xpm文件可以通过gmx的xpm2ps命令转换成ps或者eps文件再打开，诸多 …

2019年12月3日 · Gromacs程序中使用DSSP方法来分析蛋白质二级结构生成两个文件：scount.xvg and ss.xpm。 scount.xvg文件里的内容如下加粗斜体文字，其中的：s0 legend "Structure"、 s4 …

gmxxpm2ps -f ss.xpm -bx 0.1 -by 4 -o ss.eps (注：可以修改-bx -by后面的参数改横纵坐标的长度，ss.eps文件可用ps打开，另存为普通照片格式的图片) 7.

gmx dssp allows using the DSSP algorithm (namely, by detecting specific patterns of hydrogen bonds between amino acid residues) to determine the secondary structure of a protein. One …

X PixMap（XPM）是一种基于ASCII编码的图像格式，在 X Window系统 中的应用十分广泛。 [1] XPM最初由位于法国Sophia Antipolis的Bull研究中心的Daniel Dardailler和Colas Nahaboo …

This is a collection of the tools I used for GROMACS. Hope it helps for you as well. If you use one/some of the tools for your publication (s), I will appreciate if you cite the Zenodo DOI …

2021年3月30日 · 对模拟时间较长的轨迹, 运行gmx do_dssp时候建议使用-tu ns选项, 这样输出的ss.xpm中时间单位为ns, 绘图更好些. 下面是一个示例, 蛋白含122个残基, 不算大, 模拟了50 …

使用xpm2ps工具将生成的ss.xpm 转换成 eps格式文件，用ps打开保存。 gmx xpm2ps默认的工具导出来会很奇怪，使用刘大佬的修改编译后的gmx_xpm2ps工具导出的图片格式比较正常美观

2023年12月15日 · 欢迎加入人气特别高、专业性巨强的理论与计算化学交流群“ 思想家公社QQ群 ”，4个群合计达一万多人，目前4号群 952770028 可加（已经加过其它公社QQ群者不可加） …